Las escasas piezas metalúrgicas encontradas en el actual territorio de Burundi son las únicas pistas sobre qué sucedió en el territorio entre los siglos VII a.C. y XV de nuestra era. Fue un período de ocupación progresiva de las tierras, de excelente irrigación natural, en torno a la agricultura, al pastoreo y, en menor medida, a la caza y recolección.
La antropología del siglo XIX estableció una división en tres etnias: la de los twas (como pigmea y autóctona), la de los hutus (como bantú, venida de Chad y Nigeria) y la de los tutsis (como hamítica, llegada de los valles del Nilo o de Etiopía). Según esta clasificación propia de la época, cuyos estereotipos aún son comúnmente aceptados y forman parte de la mitología del país, existirían, entre estas tres etnias, contradicciones insalvables que confirmarían su «teoría de las invasiones». Así, durante el siglo XI, los hutus habrían desplazado a los cazadores twas, muy poco numerosos y, en el siglo XIV las supuestas invasiones tutsis habrían cumplido un papel civilizador sobre los hutus. Pero, tal como reconoció en 1917 el autor y estudioso alemán Jan Czekanowski: «No debemos perder de vista que la realidad de la inmigración tutsi no descansa más que sobre conjeturas».
La progresiva organización de la sociedad burundí desembocó, entre los siglos XV y XVI, en la formación de una monarquía, bajo el dominio de un Mwami (rey). Se estructuró un Estado, cuya organización y repartición del poder feudal, semi-autonómica, con los ganwas (equivalente a los señores de la Edad Media europea), asociaba funciones políticas y religiosas y normalizaba la coexistencia pacífica entre las etnias.
La primera misión católica se instaló en Burundi en 1879. En 1885, el congreso de Berlín puso al país africano bajo la esfera de influencia alemana, que en 1897 fundó en Usumbura su cuartel general de operaciones dentro de un distrito que abarcaba Ruanda y Burundi, al que llamaron Ruanda-Urundi. El 6 de junio de 1903, el rey Mwezi Gizabo, tras resistir a los alemanes, aceptó el tratado de Kiganda y reconoció el protectorado. Alemania instauró una política de administración indirecta que mantuvo las costumbres y las autoridades locales. Exportaron grandes cantidades de marfil, introdujeron el café, construyeron una vía férrea e instalaron sus primeros asentamientos civiles en 1906.
Tras el estallido de la Primera Guerra Mundial, la Sociedad de Naciones decretó a Ruanda-Urundi territorio de ocupación de Bélgica, entre 1916 y 1924. Los belgas debilitaron el poder monárquico local hasta vaciarlo de su contenido simbólico tradicional. Entre 1926 y 1933, llevaron adelante una importante reestructura administrativa que privilegió una aristocracia ganwa, en detrimento de la mayoría de los tutsis, y sobre todo, del conjunto de los hutus, aniquilando su propia aristocracia ritualista.
Al romper los nexos político-administrativos tradicionales, Bélgica destruyó toda la ingeniería política que mantenía el equilibrio de la sociedad burundesa. La noción de «jefe» cambió radicalmente; del jefe protector y regulador de las relaciones sociales, al jefe-funcionario burócrata y abusador de la fuerza. Los privilegios fueron asociados por la población a la aristocracia tutsi (minoritaria), lo que introdujo profundas fragmentaciones en la identidad de los grupos y desató la violencia entre las etnias.
A partir de una ley que estableció, en 1925, la unión administrativa de Ruanda-Urundi al Congo belga, Burundi fue forzado a proveer mano de obra barata a los centros mineros de Katanga. En lo económico el sistema colonial belga practicó un paternalismo cuyos reducidos salarios e intercambios de bienes hicieron prácticamente nula la circulación de dinero.
En 1946, finalizada la Segunda Guerra Mundial, la ONU confió la tutela de Ruanda-Urundi a Bélgica, bajo el compromiso de asegurar su desarrollo económico y de conducirlo hacia su independencia. Pero el control belga sobre la autoridades autóctonas se intensificó: el Mwami fue designado personalmente por el vice-gobernador a cargo de la región. Este desdoblamiento administrativo que acabó con la aristocracia ritualista así como la extensión de la legislación congolesa a Ruanda-Urundi provocaron la pérdida de la identidad nacional. La administración belga contó con el apoyo de la Iglesia católica, que conoció en Burundi una expansión sin igual en el continente africano.
El 18 de septiembre de 1961 se celebraron las primeras elecciones pluralistas en Burundi, aunque con derecho de voto limitado, y la Unidad Nacional para el Progreso Nacional (UPRONA) resultó victoriosa. Su fundador, el príncipe tutsi Louis Rwagasore, fue nombrado primer ministro. La presión independentista, de la que Rwagasore se hizo eco, llevó a los belgas a asesinarlo, el 30 de octubre, y reemplazarlo por otro noble tutsi, quien dio mayor apoyo a los hutus.
Bélgica otorgó la independencia a Burundi el 1 de julio de 1962. Desde ese momento, las luchas étnicas por el control del poder político, marcadas por permanentes migraciones y repercusiones de conflictos entre tutsis y hutus, que traspasaron las fronteras con Ruanda, se exacerbaron. Tuvieron lugar varias masacres entre ambas etnias, que llegaron a su paroxismo en lo que se denominó «la crisis de 1972». Durante los cuatro primeros años de independencia se sucedieron cinco primeros ministros.
En noviembre de 1966 el primer ministro, capitán Michel Micombero, dio un golpe de Estado y proclamó la Primera República. El nuevo presidente efectuó una purga en masa de funcionarios hutus. En 1971 el gobierno asesinó 350 mil hutus y provocó el exilio de otros 70 mil.
En 1976, tomó el poder el teniente coronel Jean-Baptiste Bagaza, mediante un golpe de estado y proclamó la Segunda República. Bagaza democratizó el UPRONA, puso en práctica un proyecto de redistribución de tierras en abierto desafío a la burguesía tutsi, aliada al capital extranjero, y legalizó los sindicatos. El nuevo gobierno se aproximó al de Tanzania y recibió financiación china para desarrollar la minería.
En 1981 entró en vigencia una nueva Constitución, con iguales derechos para hombres y mujeres, destinada a neutralizar la explotación de la mayoría hutu por la minoría tutsi, modernizar la estructura política y adoptar una línea socialista. Las reformas introducidas provocaron fricciones entre el gobierno y la Iglesia católica, al punto que fueron confiscados sus bienes y expulsados 63 misioneros.
Las elecciones de 1982 refrendaron la política del presidente Bagaza. A pesar de la consolidación de la independencia política, la situación económica presentaba características de calamidad. La posición geográfica de Burundi redunda en altos precios para su comercio exterior, cuyo principal rubro de ingresos es la exportación de café. La madera es la principal fuente de energía doméstica, pero entre 1960 y 1980 se deforestó la mitad de los bosques.
En setiembre de 1987, Bagaza fue derrocado en un golpe dirigido por el mayor Pierre Buyoya (UPRONA). En agosto de 1989, enfrentamientos en el norte del país dejaron un saldo de varios miles de muertos, en su mayoría hutus, cuya rebelión contra los terratenientes tutsis fue reprimida por el ejército, también integrado por tutsis. Unos 60 mil hutus buscaron refugio en Rwanda. Como reacción a la masacre, el gobierno designó un primer ministro hutu, Adrien Sibomana, y un gabinete con igual representación de hutus y de tutsis.
En 1992 Buyoya promulgó una constitución multipartidista y llamó a elecciones a celebrarse en octubre de 1993, en las que fue derrotado por Melchior Ndadaye, del opositor Frente para la Democracia en Burundi (FRODEBU), mayoritariamente compuesto por hutus.
Tres meses más tarde, Ndadaye fue asesinado durante una tentativa de golpe militar. Pese a fracasar el golpe, el asesinato de Ndadaye dio lugar a una de las peores matanzas de la historia de Burundi. Partidarios del ex presidente atacaron a miembros –tutsis o hutus– de la UPRONA, y provocaron la muerte de decenas de miles de personas y el éxodo de otras 700 mil. En ese entonces se consolidaron las llamadas «milicias armadas extremistas» –hostiles a la convivencia con la otra etnia–, como los «Sin derrota» tutsis o los «Intagohekas» («los que nunca duermen») hutus y la violencia se generalizó.
El 6 de abril de 1994, Ntaryamira murió junto con el presidente ruandés, Juvénal Habyarimana, en un atentado contra el avión en el viajaban. Otro hutu, Sylvestre Ntibantuganya, sustituyó al presidente asesinado. La violencia se intensificó, en particular entre las milicias partidarias del «poder hutu» y el ejército, controlado por oficiales tutsis. En febrero de 1995, la UPRONA abandonó el gobierno para forzar al primer ministro Anatole Kanyenkiko a renunciar. Su dimisión posibilitó la nominación del tutsi Antoine Nduwayo y la vuelta de la UPRONA al gobierno de coalición que integraba junto con el FRODEBU.
Ante el temor de que el conflicto burundés se extendiera a países vecinos, la ONU y la Organización de la Unión Africana (OUA) decidieron tomar cartas en el asunto. Alegando la necesidad de evitar una intervención de fuerzas interafricanas en el país, Buyoya condujo un nuevo y exitoso golpe de Estado en julio de 1996 y se transformó en el nuevo presidente. Kenya, Rwanda, Tanzania, Uganda, Etiopía y Zaire impusieron un bloqueo a Burundi.
El 16 de julio de 1998 se constituyó la Asamblea Nacional en Transición (ANT) con la incorporación de cuarenta nuevos representantes de los dos partidos políticos y de la sociedad civil. A finales ese año, se estimaba en más de 200 mil los muertos por la guerra civil desde 1993.
El cuarto presidente hutu del país, Domitien Ndayizaye, asumió en abril de 2003, al frente de un gobierno provisorio instalado dentro de la transición hacia la paz..
En noviembre, Ndayizeye y el líder del FDD (Fuerzas de Defensa de la Democracia), Pierre Nkurunziza, firmaron un acuerdo de paz que tuvo lugar en Arusha (ciudad del norte de Tanzania), durante la cumbre de líderes africanos. Nukurunziza fue nombrado ministro de Buen Gobierno en diciembre de 2003.
En agosto de 2004, 20 partidos firmaron un trato que implicaría que los hutu y los tutsi compartieran y participaran del gobierno del país. Otros 11 partidos frustraron el acuerdo al no firmarlo.
La nueva constitución, aprobada en febrero de 2005 con 90% de los votos, marcaba para la mayoría de los tutsi el fin de un sistema que, desde la independencia en 1962, había estado, casi sin interrupción, en sus manos. Todos los partidos hutu o de tendencia pro-hutu (85% de la población) habían reclamado el voto afirmativo. Los que concentraban a los tutsi (14% de la población) habían optado por el voto negativo. La nueva constitución, de dosificación étnica, daba a la mayoría hutu la posibilidad de alcanzar el poder y obtener la victoria democrática que les fuera sustraída en 1993 con el asesinato de Nayade. Por otra parte, en la reestructuración prevista del ejército y de la policía ni tutsi ni hutu podían superar el 50% de sus miembros. En junio, las elecciones parlamentarias dieron la victoria a las facciones hutus, que dominaron la Asamblea Nacional y nombraron a Nkurunziza presidente.
Luego de 13 años, en abril de 2006, las autoridades revocaron el toque de queda, después de que el gobierno estimara que el estado de seguridad había «mejorado fuertemente».
En enero de 2007, fuertes lluvias azotaron al país provocando grandes inundaciones que acabaron con más del 50% de las cosechas de frijoles, batatas, maíz, sorgo y arroz y agravaron la crisis alimentaria del país, que tuvo que declarar el estado de emergencia nacional.