Por el siglo XI se establecieron en la región occidental del Río Mouhoun (Volta Negro) poblaciones indígenas, antepasados de los pueblos Lobi y Bobo. Si bien estos pueblos nunca desarrollaron un sistema político centralizado, las poblaciones que migraron desde la región de Dagomba (actual Ghana) fundaron en el norte la dinastía Mossi. Los reinos Mossi impusieron su aristocracia guerrera a los demás pueblos de la región donde nacen los ríos Volta (Volta Negro, Volta Blanco y Volta Rojo).
En los dos siglos siguientes crearon varios reinos con una excelente organización. Los principales fueron los de Yatenga y Uagadugu. Los monarcas de este último eran elegidos entre los miembros de la familia real, por cuatro funcionarios -con una dignidad equiparable a la de ministros-, que debían buscar un equilibrio entre la aristocracia mossi y el pueblo mande. Ese sistema de elección se mantuvo hasta el siglo XX.
Mossis y mandes resistieron tentativas de absorción de los imperios de Malí y Songhai (véase Malí y Guinea) y las invasiones fulanis en los siglos XVIII y XIX.
Entre 1895 y 1904, en sucesivas incursiones militares, los franceses devastaron las llanuras centrales, incendiaron casas, mataron hombres y animales, y establecieron el terror por donde pasaron, lo que provocó una gran insurrección en 1916. La represión subsiguiente obligó a millones de burkineses a emigrar, principalmente a Ghana.
Llamada Alto Volta por los franceses, la actual Burkina Faso se administró como parte de la colonia Alto Senegal-Níger hasta 1919, cuando se convirtió en protectorado independiente. En 1932 fue dividida entre Côte d'Ivoire, Níger y Sudán, y vuelta a constituir en colonia independiente en 1947. Finalmente se declaró su independencia en 1960 en el marco de la estrategia neocolonial francesa (ver Francia).
Las primeras elecciones de la nación independiente, celebradas en 1960, dieron como triunfadora a la Unión Democrática Voltense (UDV), un partido financiado por comerciantes y propietarios de tierras, que llevó a Maurice Yaméogo a la presidencia. La UDV y sus candidatos fueron reelegidos en 1965, en medio de una gran conflictividad sindical contra la corrupción y las medidas de austeridad. Un año más tarde el jefe del ejército, general Sangoulé Lamizana, tomó el poder mediante un golpe de Estado.
La década de 1970 asiste a una continua sucesión de llamados a elecciones, golpes de Estado y reelecciones más o menos fraudulentas, pero digitadas todas por el coronel Lamizana, en un marco de hambre generalizada, reservas de ganado diezmadas y una emigración hacia países vecinos calculada en 25% del total de la población del país.
En 1980 el coronel Sage Zerbo lideró un golpe de Estado, y fue depuesto a su vez en 1982 por un mayor médico, Jean-Baptiste Ouedraogo. Este a su turno fue derrocado por un joven oficial, Thomas Sankara, figura popular entre los soldados y campesinos por su lucha contra la corrupción y su experiencia en la organización de brigadas para asistir a los afectados por las sequías reiteradas y la consiguiente deforestación.
A partir del gobierno de Sankara el país pasó a llamarse Burkina Faso, «tierra de hombres dignos»; el himno nacional se canta en lengua africana y se impulsó una reforma agraria. Se crearon tribunales populares de justicia e instituciones políticas democráticas.
Sankara, al frente de un Consejo Nacional Revolucionario, se había propuesto conseguir que cada habitante tuviera dos comidas y 10 litros de agua por día. Esto representaba un gran desafío en un país donde la pobreza era endémica y el 82% de los adultos era analfabeto. Sankara se veía a sí mismo como un revolucionario. Definió su ideología como anti imperialista en su discurso en octubre de 1983, y dijo que sus planes se orientaban hacia la lucha contra la corrupción, la promoción de la reforestación y la lucha contra el hambre. La educación y la salud fueron las prioridades de su gobierno.
El 15 de octubre de 1987 Sankara fue derrocado, juzgado y ejecutado, junto a doce de sus colaboradores en un golpe de Estado llevado a cabo por el segundo hombre del gobierno, Blaise Compaoré, quien declaró que seguiría en el Frente Popular, realizando una «rectificación» dentro del régimen, cuya cúpula integraba junto a Sankara, Jean-Baptiste Boukari Lingani y Henri Zongo. A pesar de las tensiones iniciales entre Estados Unidos y Burkina Faso por el estrecho vínculo entre Sankara y Muammar al-Qaddafi de Libia, al cabo del mandato del premier burkinés, Estados Unidos había reemplazado a Francia como el principal donante de ayuda.
Compaoré, contrastando con la austeridad de Sankara, mandó construir un palacio de gobierno y adquirir un avión presidencial y anunció una estrategia económica abierta a la iniciativa privada y a los capitales extranjeros, privatizadora y proclive a actuar en acuerdo con los organismos financieros internacionales.
Desde noviembre de 1987 la oposición política al proceso de rectificación se organizó en grupos como la Unión Democrática y Popular, que exigía libertad sindical, amnistía para presos políticos y elecciones libres, y el Partido Revolucionario de los Trabajadores de Burkina (PRTB), que denunciaba como causa del derrocamiento de Sankara su campaña contra la corrupción.
En diciembre de 1992 y marzo de 1993 se realizaron paros generales contra la aplicación de los programas de ajuste estructural preconizados por el FMI. La devaluación del franco CFA, en enero de 1994, llevó a la renuncia del primer ministro Youssouf Ouedraogo. En julio, pese a las protestas de la oposición, el Parlamento votó una ley autorizando al gobierno a privatizar 19 empresas nacionales.
El gobierno prosiguió su política de liberalización económica e hizo ingresar oficialmente a Burkina Faso en la Organización Mundial de Comercio en junio de 1995.
En junio de 1996, el FMI aprobó un nuevo préstamo de 57 millones de dólares para apoyar la implementación del programa de ajuste estructural en el trienio subsiguiente. En 1997, una sequía que diezmó la producción alimentaria dejó al país en situación crítica. El déficit en la producción agrícola –que constituía el 32% del PBI y daba trabajo al 90% de la población– fue estimado, para el período 1997-1998, en 156 mil toneladas. En diciembre de 1997 Ouagadougou se vio en la necesidad de solicitar a la comunidad internacional 67 mil toneladas de grano para paliar la crisis.
La caída del precio de las materias primas precipitó, al igual que en varios países de la región, el crecimiento de las plantaciones de marihuana. La devaluación del franco CFA provocó una reducción en la importación de medicamentos, lo que comprometió aún más el panorama en la lucha contra las dos grandes enfermedades que afectan a la población: el paludismo y el VIH/SIDA. En 1998 sólo había en el país un médico por cada 25 mil habitantes.
Las elecciones de 1998, boicoteadas por la oposición, dieron el triunfo al presidente-candidato. Una serie de protestas llevó a la renuncia del gabinete de Ouedraogo, pero el presidente confirmó a la mayoría de los ministros en enero de 1999.
El asesinato del periodista Norbert Zongo, en diciembre de 1998, puso al gobierno en entredicho. Zongo había denunciado la presunta responsabilidad de François Compaoré, hermano del presidente, en el asesinato de su chofer, muerto a consecuencia de torturas infligidas por la guardia de la seguridad presidencial. A un año de la muerte de Zongo, a pesar de los intentos de Compaoré para acallar las protestas, se manifestaron 30 mil personas en Uagadugu reclamando justicia. Cuatro de los seis guardias acusados del asesinato fueron finalmente condenados, pero el hermano del presidente sólo fue llamado a declarar en una ocasión.
Un informe de ONU afirmó en 2000 que Compaoré actuó de intermediario en el pasaje de armas del bloque soviético a grupos rebeldes como UNITA en Angola y RUF en Sierra Leona, violando el embargo internacional al tráfico de armas a estos grupos. Sus servicios eran pagados con diamantes, cuyo tráfico también está prohibido. En diciembre, el gobierno terminó aceptando la presencia de un cuerpo de supervisión de Naciones Unidas para monitorear la importación de armas.
Por tercera vez consecutiva, el país tuvo en 2002 elecciones parlamentarias. Los comicios, inicialmente programados para el 28 de abril de 2002, fueron pospuestos para el 5 de mayo debido a los bajos niveles en los registros de votantes. La oposición, que había boicoteado las presidenciales de 1998 y las municipales de 2000, participó esta vez de la contienda.
En octubre de 2003 la policía encarceló a 12 integrantes de la guardia presidencial y las FFAA, acusadas de planear un golpe de Estado contra Compaore. En abril de 2004, Luther Ouali, capitán de la armada, fue sentenciado a 10 años de cárcel tras admitir su participación en el intento de golpe. Ouali declaró ante la corte militar que su principal motivación para participar en la conspiración había sido tratar de terminar con la desigualdad social en el país.
En agosto de 2004, la policía detuvo a 14 personas acusadas de practicar ilegalmente la ablación de genitales femeninos a niñas y adolescentes. Las mutilaciones eran realizadas sin la mínima asistencia médica y en condiciones de riesgo de muerte para las mujeres.
Tras 18 años al mando, en noviembre de 2005, Compaoré volvió a ganar las elecciones presidenciales, con más del 80% de los sufragios, lo que prorrogó su mandato por otros cinco años. Los candidatos de oposición llamaron la atención sobre las grandes sumas de dinero invertidas en la campaña del presidente, que distribuyó camisetas y sombreros por todo el país y colocó carteles prácticamente en cada calle. Compaoré se mudó a un nuevo palacio presidencial en el «barrio de los millonarios», Ouaga 2000, en las afueras de la capital.
En junio de 2007, el ex ministro de economía Tertius Zongo fue nombrado primer ministro. Zongo, al momento de su nombramiento, se desempeñaba como embajador en Estados Unidos.