Los primeros habitantes conocidos del actual territorio de Bosnia y Herzegovina fueron los ilirios y los celtas. El Imperio Romano cruzó el Adriático a mediados del siglo II a.C., y creó la provincia de Iliria, que luego fuera la frontera entre Oriente y Occidente al dividirse el imperio romano. Los eslavos se establecieron en la zona en el siglo VII d.C. –procedentes de las actuales Polonia y Ucrania– y absorbieron gradualmente a ilirios y celtas.
A mediados del siglo XII la región quedó bajo jurisdicción del arzobispado húngaro de Kalocsa. Los esfuerzos en común del Papado y Hungría, con el fin de imponer su autoridad religiosa, provocaron una fuerte resistencia local. Bosnia fue baluarte de los bogomilos (o cátaros), una de las herejías cristianas más importantes del sur de Europa. Los vecinos, tanto serbios ortodoxos (católicos de Oriente), como croatas (católicos romanos), organizaron varias cruzadas contra éstos.
Bando Prijezda fundó la dinastía de los Kotromanic (1254-1395), bajo la cual Bosnia conquistó la provincia de Hum. Herzegovina, tomó su nombre del Duque (Herceg) Stejpan Vukcic, quien gobernó la parte sur de la actual república hasta la llegada de los turcos. En 1377, Tvrko se coronó rey de Serbia, Bosnia y las tierras de la costa. La invasión turca de 1386 derrotó a los serbios en Kosovo (1389), pero Tvrko realizó nuevas conquistas al oeste y en 1390 se coronó rey de Rashka, Bosnia, Dalmacia, Croacia y las tierras costeras.
El Imperio Otomano conquistó Constantinopla en 1453 y ocupó Serbia en 1459. Bosnia se convirtió en provincia del Imperio Otomano en 1463. Hum resistió, pero en 1482 cayó el puerto de Novi (actual Herzegnovi) y Herzegovina fue provincia otomana. Los bogomilos bosnios se convirtieron masivamente al Islam. Además de los eslavos católico-romanos y los eslavos ortodoxos, surgieron eslavos musulmanes: los musulmanes eran la élite y los cristianos, desfavorecidos, conformaron la raia; las relaciones entre las tres comunidades fueron conflictivas y la religión fue el factor divisorio.
El gobernador turco (pasha) fijó su sede en Banja Luka y luego se trasladó a Sarajevo. En 1580, Bosnia fue dividida en ocho subregiones, a cargo de 48 kapetas hereditarios, que ejercían poder feudal sobre su jurisdicción, donde se desarrolló la metalurgia y la manufactura de armas. En los siglos XVI y XVII, Bosnia tuvo un importante papel en las guerras de Turquía contra Austria y Venecia. En 1697, el príncipe Eugenio de Saboya ocupó Sarajevo. Por el Tratado de Karlowitz, en 1699, el río Sava (límite norte de Bosnia) se convirtió en la frontera norte del Imperio Otomano. Herzegovina y la Bosnia al este del Una fueron cedidas a Austria en 1718 y devueltas a Turquía en 1739.
En el siglo XIX la nobleza de Bosnia resistió la dominación de Turquía. En 1837 el regente de Herzegovina se declaró independiente de hecho. Las rebeliones se hicieron crónicas, y unieron a pesar de sus diferencias a cristianos y musulmanes, en contra de la burocracia y la corrupción del Imperio Otomano. En 1875 un conflicto local en Herzegovina desató una insurrección que se extendió a Bosnia. Austria, Rusia y Alemania trataron sin éxito de mediar entre Turquía y los rebeldes. La promesa del sultán de reducir impuestos, conceder libertad religiosa e instalar una asamblea provincial fue rechazada.
Por un convenio secreto, en 1877, Rusia cedió a Austria-Hungría el derecho de ocupar Bosnia y Herzegovina, a cambio de la neutralidad de ésta en la guerra rusa contra Turquía. Luego de la Guerra Ruso-Turca (1877-1878), el Congreso de Berlín desconoció las aspiraciones de los nativos y de Serbia, y cedió Bosnia y Herzegovina a Austria-Hungría, aunque nominalmente siguieron siendo provincias otomanas. Bosnia y Herzegovina intentó una resistencia armada, que obligó a Viena a movilizar 200 mil soldados en 1878.
La rebelión de los Jóvenes Turcos, en 1908, desencadenó la crisis del Imperio Otomano. El nuevo gobierno turco propuso que Bosnia y Herzegovina participaran en el Parlamento de Estambul, lo que fortaleció las reivindicaciones nacionalistas. Austria-Hungría interrumpió ese proceso y anexó las dos provincias en 1908, con el consentimiento de Rusia. Viena estableció una asamblea provincial (Sabor), sin representación en Viena o Budapest. La Constitución de 1910 fue promulgada por el imperio con el fin de reparar las diferencias sociales y religiosas, al establecer tres colegios electorales (ortodoxos, católico-romanos y musulmanes), cada uno con un número fijo de bancas en el Sabor.
La influencia del movimiento Joven Bosnia (Mlada Bosna) y de otros grupos nacionalistas y socialdemócratas hizo que las autoridades del imperio clausuraran el Sabor de Bosnia y disolvieran entidades serbias. En 1914 el archiduque Francisco Fernando (heredero del trono de Austria) y su esposa, la duquesa de Hohenberg, fueron asesinados en Sarajevo por un estudiante bosnio-serbio. Austria declaró la guerra a Serbia y con ello desencadenó la Primera Guerra Mundial.
En 1915, emigrantes fundaron en Perú el Comité Yugoslavo (yugoslavo significa «eslavos del sur») que inició una intensa actividad en pro de la independencia y la unión de los «yugoslavos». El 1º de diciembre de ese año se proclamó el reino de los serbios, croatas y eslovenos, que incluía a Bosnia y Herzegovina. En 1919 se fundó el Partido Comunista Yugoslavo, que logró 14% de los escaños parlamentarios y fue proscrito en 1920. El país fue rebautizado como Reino de Yugoslavia en 1929, tras un golpe de Estado autoritario que persiguió a comunistas, sindicalistas y adversarios de la hegemonía serbia.
En 1941, Yugoslavia fue ocupada por los nazis. Bosnia-Herzegovina quedó supeditada al gobierno títere de Croacia. En dos provincias, los croatas Ustashi (fascistas) masacraron a los serbios. La rivalidad de siempre entre musulmanes, serbios y croatas degeneró en franca hostilidad. Los comunistas, liderados por Tito, organizaron la resistencia guerrillera con apoyo de los aliados. Finalizada la guerra el país se mantuvo unido como federación de repúblicas, una de las cuales era Bosnia-Herzegovina. El eslogan de las repúblicas socialistas federadas de Yugoslavia era «Hermandad y Unidad», pero la confrontación étnica fue visible en la literatura y el arte.
La fórmula federal y el liderazgo de Tito lograron medio siglo de paz interna. Los planes de desarrollo privilegiaron las regiones menos favorecidas y se apoyó la integración territorial de las diversas comunidades. Tras la muerte de Tito en 1980, el poder ejecutivo fue asumido por un organismo colegiado, con representación de todas las repúblicas y rotación anual de la presidencia entre ellas. En vez de apaciguar las rivalidades entre las entidades federadas, este mecanismo pareció exacerbarlas.
En 1990, tras la caída del muro de Berlín, la Liga de los Comunistas Yugoslavos (LCY), eliminó el monopolio del sistema político. Las reivindicaciones localistas y étnicas fueron agitadas por políticos demagogos. Ese año, en las primeras elecciones legislativas de posguerra con participación de varios partidos, el electorado bosnio optó por los candidatos que levantaron banderas étnicas. Los partidos nacionalistas eligieron a 73 serbios y 44 croatas, y perdieron terreno los candidatos del Partido de las Reformas Democráticas (ex comunistas) y los tecnócratas liberales.
Los musulmanes estuvieron representados por el Partido de Acción Democrática (PAD) y su líder, Alija Izetbegovic, doctor en teología, fue elegido como presidente de la república. Las dirigencias croatas y musulmanas de Bosnia querían seguir el ejemplo de Eslovenia y Croacia –en proceso de escindirse de Yugoslavia– alentadas por Europa Occidental y temerosas del nacionalismo que ganaba terreno en Serbia. Los serbios de Bosnia preferían permanecer dentro de la federación yugoslava. En 1991 el Sabor de Bosnia aprobó una declaración de independencia y en 1992 convocó a un plebiscito sobre la secesión. Para conservar la unidad e integridad de la república, Izetbegovic aseguró que Bosnia y Herzegovina no sería un estado musulmán y garantizaría los derechos de todas las nacionalidades. Ese año estalló el conflicto, cuando la independencia fue apoyada en el referéndum por 99,4% de musulmanes y croatas.
En 1992, la Unión Europea (UE) y EEUU reconocieron la independencia de Bosnia y Herzegovina. La república bosnia fue aceptada como estado participante en la Conferencia sobre la Seguridad y la Cooperación en Europa, y se integró a la ONU. Simultáneamente, la comunidad serbia proclamó la independencia de la «República Serbia de Bosnia» en las zonas bajo control serbio (Krajina de Bosnia, con centro en Banja Luka). La lucha se extendió rápidamente por toda la región. Las fuerzas croatas locales también controlaban algunas zonas de la república y tuvieron enfrentamientos esporádicos con las tropas del gobierno bosnio. Finalmente ese año, Croacia y Bosnia firmaron un pacto de reconocimiento mutuo.
En 1993, tropas serbias mataron al viceprimer ministro bosnio, Hakija Turajlic, en Sarajevo. La ONU decretó una tregua en la ciudad: a esa altura de la guerra varios informes denunciaron campos de concentración serbios y una campaña de «limpieza étnica»: expulsión forzosa, violenta y a menudo asesinato de habitantes de etnias rivales. Según Amnistía Internacional, miles de civiles y combatientes capturados y heridos se dejaron morir en forma deliberada y los prisioneros fueron torturados. Cifras de la ONU, informaron que unas 40 mil mujeres fueron violadas. Si bien todas las partes en conflicto cometieron abusos, los serbios cargaron con la mayor responsabilidad, mientras los musulmanes fueron las principales víctimas. La Fuerza de Protección de la ONU (UNPROFOR por su sigla en inglés) desplegó casi 20 mil cascos azules. Estados Unidos rehusó enviar tropas a Bosnia, pese a las presiones de la ONU y de los países europeos. Los distintos ceses al fuego y las zonas de seguridad no fueron respetadas.
En 1993, la ocupación serbia de Bosanki Brod abrió un pasaje entre Serbia y la Krajina de Bosnia. Los serbo-bosnios controlaron el 70% del territorio, por su superioridad en artillería y vehículos blindados, y por el control de varios puentes sobre el río Drina –frontera entre Serbia y Bosnia– que permitieron el abastecimiento ilegal de armas y suministros desde la Federación Yugoslava. A raíz de este respaldo, la ONU decretó un bloqueo económico y de armas contra la Federación y un embargo de armas para bosnios y croatas. Los musulmanes quedaron reducidos a Sarajevo y localidades menores, con apenas el apoyo financiero y moral de algunos países islámicos y esporádicos vuelos de ayuda humanitaria de la ONU, sujetos a la autorización de los sitiadores serbio-bosnios.
El mismo año, el presidente serbio Slobodan Milosevic y su par croata Franjo Tudjman se pronunciaron por la partición de Bosnia en tres entidades étnicas (serbia, croata y musulmana), en el marco de un estado federal, coincidente con una propuesta de paz de la ONU y la UE, que incluyó la división en provincias semi-autónomas, controladas por cada grupo étnico. Los croatas, ante la posible partición de Bosnia, buscaron negociar desde posiciones de fuerza, y lanzaron una ofensiva contra Mostar, capital de Herzegovina. La Comisión de Derechos Humanos de la ONU denunció que 10 mil musulmanes fueron detenidos en campos de concentración croatas, y padecieron torturas y ejecuciones sumarias.
Mientras tanto, Sarajevo empeoraba: sin luz, agua ni alimentos; entre epidemias los 300 mil habitantes sobrevivían con raciones mínimas de alimentos. En 1994 la ONU y la UE elaboraron una propuesta que incluía la partición de Bosnia: serbios 52% del territorio, musulmanes 30% y 18% croatas. Este arreglo territorial dividía el país en tres repúblicas étnicas homogéneas; debido a que obligaba a trasladar habitantes de un sector a otro, el gobierno bosnio la rechazó, pues equivalía a legitimar la «limpieza étnica».
En 1994, croatas y musulmanes aprobaron un acuerdo federal entre las dos comunidades: 51% del territorio permanecería en manos de bosnios y croatas, en tanto que los serbios controlarían el 49%, sin llegar a partir Bosnia en tres estados étnicamente «puros». El acuerdo contó con el apoyo de la UE, Washington y Moscú, pero los serbios lo rechazaron. Las negociaciones se complicaron porque Milosevic –que representaba diplomáticamente a los serbios– declaró no tener autoridad sobre la autoproclamada República de Srpska.
En 1995 los serbios bosnios tomaron de rehenes a decenas de cascos azules y ocuparon Bihac. La situación cambió radicalmente con el bombardeo de la OTAN a las posiciones serbo bosnias en el cerco a Sarajevo. Casi simultáneamente los bosnio-croatas expulsaron las fuerzas serbo-croatas del este del país y obligaron a sus representantes a negociar. Bajo presión militar estadounidense, el proceso de paz iniciado en Daytona (Ohio, Estados Unidos) estableció elecciones para 1996, con la esperanza de promover a los líderes más tolerantes de las nacionalidades en conflicto. La presencia de tropas estadounidenses forzó la paz, que se firmó en París (1995), y congeló la situación política.
Los acuerdos de Daytona reconocieron dos mini-estados «étnicamente puros» debido a la eliminación física o expulsión de las minorías étnicas: la República Serbio Bosnia (Sprska) y la Federación Croata Musulmana. El Tribunal Internacional de Crímenes de Guerra de la Haya condenó por genocidio a Radovan Karadzic, líder de Srpska y a su comandante militar Ratko Mladic. Los acuerdos de Daytona prohibieron la participación en elecciones de personas acusadas por crímenes de guerra. A pesar de la condena y la prohibición, ambos quedaron en libertad, e influyeron notablemente en la vida política de su república.
El 73% de los electores concurrió a los comicios generales de 1996. Con 37,8% de los votos, el musulmán PAD, de Izetbegovic, resultó mayoritario y obtuvo 19 de los 42 curules parlamentarios. El Partido Democrático Serbio (PDS), candidateó a Momcilo Krajisnik, y con 24%, alcanzó 9 escaños, y la Unión Democrática Croata (UDC), de Kresimir Zubak, obtuvo el 14% y 8 representantes. En 1997, los presidentes croata y bosnio se reunieron en Split para relanzar la federación croata-musulmana, comprometiéndose una vez más a facilitar el regreso de los refugiados. Radovan Karadzic cuestionó las elecciones legislativas y acusó a los representantes occidentales de haber arreglado los resultados en favor de los partidos croatas y musulmanes.
El Alto Comisionado para la república, Carlos Westendorp, impulsó medidas unificadoras (una bandera y símbolos comunes a toda Bosnia-Herzegovina), lo que ocasionó nuevos enfrentamientos. Cada grupo mantuvo sus fuerzas armadas y la federación entre croatas y musulmanes se confirmó como sumatoria de unos y otros y no como una identidad diferente.
El marco, la nueva moneda introducida en 1998, tuvo amplia aceptación en el mercado interno, pero recién en 2001 se aceleró el proceso de privatización (fundamentalmente de bancos), iniciado dos años antes con un préstamo del Banco Mundial (BM); en 1991 todas las oficinas de pago de la era comunista estaban cerradas. El país había dependido de la asistencia humanitaria de la comunidad internacional para su reconstrucción.
En 2000, el Alto Comisionado internacional, Wolfgang Petritsch, destituyó al presidente croata en la presidencia rotativa, Ante Jelavic, acusándolo de menoscabar los acuerdos de Daytona al apoyar la creación de un miniestado croata. Finalmente, ese año asumió un nuevo gobierno, no nacionalista.
A fines de la guerra las fuerzas de paz internacionales sumaban 60 mil, y para 2001 quedaban apenas 18 mil. EE.UU. propuso retirar sus 3 mil cascos azules. Según Petritsch, faltaban tres o cuatro años para funcionar autónomamente sin un administrador internacional.
Las elecciones de 2002 devolvieron al poder a los partidos nacionalistas, que ocuparon la presidencia tripartita. Este regreso nacionalista a cargos principales se debió sobre todo al magro desempeño de los partidos pro-reformas.
En 2003, Mirko Sarovic –miembro serbio de la presidencia– renunció a causa de denuncias realizadas por un servicio de inteligencia occidental, acerca de su participación en la venta ilegal de armas a Iraq, además de acusaciones de espionaje a funcionarios internacionales. Borislav Paravac, del PDS, asumió en su lugar. Ese mismo año, el Alto Comisionado internacional, Paddy Ashdown (en funciones desde 2002), abolió el Consejo Supremo de Defensa de la República Serbia de Srpska y removió toda referencia al carácter de estado inscripto en algunas leyes de la Federación de Bosnia y Herzegovina y de Srpska,
En abril de 2003, el comandante Naser Oric fue arrestado y llevado al tribunal de La Haya por «violaciones a la ley y costumbres de guerra»: incluyendo asesinato, persecución, destrucción y saqueo, contra serbios en Srebrenica, entre 1992-1995. El Tribunal, decidió no realizar su sumario en forma pública.
En junio de 2004, casi sesenta oficiales del gobierno, entre ellos dos líderes políticos, fueron dados de baja por el fracaso del gobierno para arrestar a Radovan Karadzic, sospechoso de crímenes de guerra. El portavoz del parlamento, Dragan Kalinic, y el ministro del Interior, Zoran Djeric, fueron retirados de sus cargos. El alto comisionado Ashdown explicó que quiso castigar al que llamó «pequeño grupo de políticos corruptos» que dificultan la posibilidad de que Bosnia fuera miembro, en el futuro, de la OTAN y la UE.
En julio, Milosevic enfrentó tres sumarios ante un tribunal internacional de la ex Yugoslavia, acusado de genocidio en Bosnia entre 1992 y1995, además de severos crímenes contra derechos humanos en Croacia (1991-1992) y Kosovo (1999).
En agosto, fueron hallados cientos de cadáveres en una tumba situada dentro del perímetro de una mina de carbón en Miljevina, pueblo cercano a la localidad de Foca (situada a casi 70 Km. al sureste de Sarajevo). Poco antes, en esa misma región, habían sido encontrados otros 100 cuerpos. Foca fue uno de los primeros pueblos tomados por serbo-bosnios durante la guerra en 1992.
Por primera vez, en enero de 2005, días después de que EEUU cancelara el envío de diez millones de dólares en ayuda debido a la falta de arrestos, las autoridades serbo-bosnias enviaron a un sospechoso de crímenes de guerra al tribunal de La Haya.
En febrero de 2006, el Consejo de Europa, organismo encargado de vigilar los derechos humanos en la región, publicó una lista de cinco países, entre los que se incluía a Bosnia Herzegovina, acusados de no entregar información sobre una serie de vuelos secretos, llevados a cabo por la Agencia Central de Inteligencia de Estados Unidos (CIA), que presuntamente transportaban a sospechosos de terrorismo por territorio europeo.
En junio de 2007, un estudio financiado por el gobierno de Noruega y realizado por una organización no gubernamental bosnia señaló que unos 97.200 bosnios murieron durante la guerra civil; 65% bosnios musulmanes, 25% serbios y más de 8% de croatas. Esta cifra representa, aproximadamente, la mitad de las víctimas que se habían calculado en un principio.