Bhután está situado en el corazón de las montañas de la Cordillera Himalaya. Los primeros exploradores y enviados del gobierno colonial de Gran Bretaña lo denominaban Bootan (tierra de los booteas), o, algunas veces, Bhotan. Sus enormes vecinos, China e India, y los picos más elevados del planeta impusieron al país un gran aislamiento. Aún en la actualidad se desconoce el origen de su nombre, que quizás provenga del sánscrito. Para el pueblo de Bhután el nombre es Druk o Druk Yul, «tierra del dragón del trueno».
Desde el siglo XII, la tradición Drukpa Kargyud adquirió gran importancia. En el siglo XVII, luego de un largo período de rivalidades entre diversos grupos, un lama Drukpa Kargyud llamado Ngawang Namgyal unificó al país. Druk, el nombre endógeno del país, deriva de la Secta Kargyud del budismo mahaiano (drukpa), que es actualmente la religión oficial. Namgyal, conocido comúnmente como el Shabdrung («a cuyos pies uno se rinde») era a la vez gobernante y dirigente espiritual del país. El poder de los posteriores Shabdrungs se fue desgastando gradualmente debido al divisionismo, y el 17 de diciembre de 1907, Ugen Wangchuck reunificó el país y estableció la primera monarquía hereditaria de Bhután.
La administración colonial británica de India firmó importantes tratados con Bhután en 1774 y 1865. El posterior Tratado de Punakha, firmado en 1910, establecía que los británicos no interferirían en la política interna de Bhután, pero convertía al país en un protectorado británico en todo lo concerniente a las relaciones exteriores. En el tratado firmado en 1949 con India independiente se establecieron disposiciones similares.
Durante la década de 1960, Bhután comenzó a emerger de su aislamiento. Ingresó al Plan Colombo y a las Naciones Unidas en 1962. También es miembro del Movimiento de Países No Alineados.
Bhután sigue siendo uno de los países más pobres de Asia, si bien el desarrollo reciente hace factible que saque partido de sus riquezas naturales; por ejemplo, de los bosques. El país es uno de los 10 principales espacios protegidos de biodiversidad en el planeta.
El presente monarca, Jigme Singye Wangchuck, fue coronado en 1972; desde su asunción, el reino comenzó un lento proceso de apertura al mundo. Correlativamente, se inició una política de bhutanización del país, y desde el Decreto de Ciudadanía de 1985, muchos sureños fueron declarados inmigrantes ilegales. Tras el censo de1988, el monarca impuso el uso obligatorio, en los lugares públicos, del traje nacional y del idioma dzongkha. Se prohibió la enseñanza del nepalés y se ilegalizaron las visas de trabajo para extranjeros. La crisis política que derivó de estas medidas llevó al desplazamiento de 100 mil bhutaneses de origen nepalés hacia Nepal, donde viven en campos para refugiados, en lo que constituye una de las mayores expulsiones étnicas de la historia de la Humanidad. Desde 1990, Bhután considera que los refugiados, llamados «lhotsampas», no tienen nacionalidad.
En 1992 empezó a aplicarse el séptimo plan quinquenal, cuyos objetivos eran el incremento de las exportaciones, la conservación del medio ambiente, el equilibrio regional y la promoción institucional de la mujer. El gobierno alentó las inversiones extranjeras y dio inicio a una cautelosa política de privatizaciones. En la década de 1990, Bhután firmó tratados bilaterales con Holanda, Noruega, Japón y Suiza (entre otros), que dieron financiamiento para programas de desarrollo.
En 1998, el rey, quien era por entonces jefe de Estado, de gobierno y presidía la Corte de Apelaciones, nombró un primer ministro y un gabinete, al tiempo que concedió a la Asamblea Consultiva derecho de iniciativa y veto a las decisiones del rey, e incluso a pedir la abdicación del monarca. La oposición lo acusó de realizar la propuesta después de haber colocado a sus seguidores en los puestos clave de la Asamblea.
Singye Wangchuk acuñó su propia filosofía de desarrollo, que establece que el el progreso material no es la única forma de alcanzar la realización personal, ya que debería acompañarlo un igual énfasis en la seguridad emocional y espiritual. La meta a alcanzar es la Felicidad Nacional Bruta (FNB), por encima del PBI. El acuerdo firmado en 2001 con el Banco Asiático para el Desarrollo, que tiene como prioridad reducir la pobreza en el país, establece que, respetando la FNB, el Banco atacará objetivos que no se reducen al bienestar material.
Bhután se encuentra entre los países firmantes de acuerdos bilaterales de inmunidad, para ciudadanos estadounidenses que hayan sido acusados por la Corte Penal Internacional por genocidio, crímenes contra la humanidad y crímenes de guerra.
Los gobiernos de Bhután e India acordaron en setiembre de 2003 buscar una solución para que los grupos armados por la independencia del estado indio de Assam abandonasen Bhután.
En diciembre, el gobierno lanzó una nueva ofensiva contra los grupos separatistas indios y trasladó cientos de soldados hacia la zona oeste del país, a fin de eliminar a los rebeldes que se mantenían ocultos en los bosques luego de que sus bases fueran destruidas en setiembre. Thimpu se mantuvo en estado de alerta; la capital era un posible blanco de ataques rebeldes.
El Frente Nacional para la Democracia (FND), una coalición de tres partidos políticos en el exilio, criticó acerbamente, en julio de 2005, una propuesta de constitución del gobierno. Según el FND, la misma tenía como fin distraer la atención internacional de la crisis de refugiados del país. La constitución, que en caso de ser aprobada en referendo establecería un sistema bipartidista, fijaría, según el FND, una «democracia limitada».
Lyonpo Sangay Ngedup, antes ministro de salud, fue nombrado premier en setiembre de 2005.
Según declaraciones de un alto funcionario del gobierno, a partir de 2006 Bhután podría convertirse en el mayor productor hidroeléctrico de Asia; exportaría a India, entre 2005 y 2016, unos 5.000 mega vatios mensuales. Esto representaría casi el 45% de las exportaciones, y sería el principal punto de inflexión para el desarrollo económico del reino: «un importante salto en el objetivo de convertirnos en una nación económicamente independiente en el futuro», según palabras del mismo funcionario.
El Director Ejecutivo del Programa de Naciones Unidas para el Medio Ambiente, Achim Steiner, señaló en julio de 2007 que, si bien Bhután era una de las naciones que había aportado menos emisiones de dióxido de carbono a la atmósfera, sería uno de los primeros afectados con las consecuencias del calentamiento global al recibir grandes cantidades de agua procedentes de los deshielos del Himalaya.