Las Islas Cocos fueron descubiertas en 1609 por el capitán William Keeling de la Compañía de las Indias Orientales, pero recién en 1826 fueron pobladas por el inglés Alexander Hare.

La empresa Clunies-Ross, fundada por el escocés John Clunies-Ross a principios del siglo XIX, se estableció y pasó a ser la verdadera dueña de las islas, a pesar de la condición de colonia británica. La reina Victoria concedió las islas a la familia Clunies-Ross en 1886, a cambio del derecho de utilizar las tierra con fines públicos. Ross introdujo trabajadores malayos —en condiciones cercanas a la esclavitud— para explotar las palmas cocoteras.

En 1978, después de años de negociaciones, Australia compró las islas a la empresa, que sigue monopolizando la producción y comercialización de la copra. Por otra parte, Australia dispone de una base militar en la isla West, comprada en 1951.

En 1984, a través de un plebiscito, los habitantes optaron por la nacionalidad australiana y la plena anexión de las islas a Australia. La Asamblea General de las Naciones Unidas, en diciembre de ese año, reconoció el resultado del plebiscito y eximió a Australia de informar al Comité de Descolonización.

Australia compró las últimas propiedades de Clunies Ross en las islas en 1993.

En diciembre 2001, la isla West dobló su población al recibir inmigrantes ilegales —mayoritariamente de Sri Lanka—. Los operadores turísticos alertaron que esto podría acabar con el turismo en las islas.

El diplomático Evan Williams fue designado, en octubre de 2003, administrador de Cocos por parte del gobierno australiano. En enero de 2006, Williams fue sustituido por Neil Lucas quien era, además, administrador de las islas Christmas.

En febrero de 2007, la policía se enfrentó a un grupo de cazadores isleños que mataban pájaros bobos de patas rojas, una especie protegida, para comer.