Las islas, previamente exploradas y pobladas por polinesios y españoles, deben su nombre al navegante británico James Cook, que en 1770 trazó el primer mapa del archipiélago.

En 1821 misioneros tahitianos fueron destinados a las islas por la London Missionary Society y fundaron una sociedad teocrática protestante. Destruyeron las estructuras «paganas» y las formas tradicionales de organización. Las islas fueron declaradas protectorado británico en 1888 y pasaron a formar parte de Nueva Zelandia en 1901, año en que se reconoció el derecho de los maoríes a su tierra y se prohibió la venta de inmuebles a extranjeros. Desde 1965, luego de un plebiscito promovido y supervisado por la ONU, se le otorgó autonomía interna pero siguieron anexadas a Nueva Zelandia.

Nueva Zelandia redujo, en 1991, al 17% del presupuesto del archipiélago la ayuda económica. Se decidió que la oficina auditora de las islas Cook se encargara de supervisar las finanzas estatales, sustituyendo a la auditoria de Nueva Zelandia.

A mediados de los años 1990, el primer ministro, Geoffrey Henry, redujo fuertemente el presupuesto estatal y lanzó un plan de privatizaciones.

Las islas fueron eliminadas en marzo de 2005 de una lista internacional de países con policía débil en el combate al lavado de dinero.

En abril de 2006, China ofreció una nueva partida de ayuda económica, de 4 millones de dólares, para infraestructura.