Pobladas alrededor del siglo V por una de las últimas migraciones indonesias (ver historia de Madagascar), las Comoras se mantuvieron aisladas del continente hasta el siglo XII, cuando comerciantes musulmanes procedentes de Kilua se establecieron en las islas, fundaron puertos y reprodujeron allí la civilización de la costa. Hasta el siglo XVI las Comoras participaron de la prosperidad regional, hasta que los ataques portugueses destruyeron su economía comercial. Cuando el sultán de Omán consiguió expulsar a los lusitanos de la región, las islas quedaron en el área de influencia de Zanzíbar y el tráfico de esclavos aumentó su población de origen bantú.
En el siglo XIX, luego de la separación de Zanzíbar del sultanato de Omán, las presiones europeas se hicieron más fuertes y finalmente Francia ocupó Mayotte en 1843. La dominación colonial se extendió luego a todo el archipiélago, motivada por la producción de especias y su posición estratégica en la ruta de El Cabo.
El Molinaco (Movimiento de Liberación Nacional Comorano), junto al Partido Socialista local (Pasoco), creó el Frente Nacional Unido (FNU). El FNU presionó al gobierno francés hasta que éste organizó, en 1974, un plebiscito en el cual 154.182 votantes se pronunciaron por la independencia y sólo 8.854 lo hicieron en contra.
Los no independentistas se concentraban en Mayotte. Algunas familias de mestizos católicos controlaban la economía de Mayotte y se expresaban políticamente a través del Movimiento Popular Mahorés (MPM) que lideraba Marcel Henry.
Ahmed Abdallah, primer ministro del semi-autónomo gobierno local, proclamó la independencia de las Comoras en julio de 1975, antes de que Francia homologara los resultados del referéndum. Abdallah temía que su partido, «Udzima» (Unidad), perdiera el poder frente al FNU cuando se reuniera la Asamblea General Constituyente. El MPM proclamó entonces su intención de que Mayotte continuara siendo francesa. Francia apoyó la secesión para conservar su presencia militar en el Índico.
Un mes después, un reducido grupo de jóvenes del FNU tomó el poder y sustituyó al presidente Abdallah por el socialista Alí Soilih. De inmediato Francia envió a Mayotte tres barcos de guerra y 10.000 soldados.
En mayo de 1978 un contingente mercenario, subvencionado desde su exilio en París por Ahmed Abdallah, desembarcó en la Gran Comora (hoy Njazidja) y depuso y asesinó a Alí Soilih. La presencia del francés Bob Denard –procesado por actos mercenarios contra el gobierno de Benín, en 1977– al frente de dicha operación generó un fuerte rechazo internacional: la Organización para la Unidad Africana expulsó a las Islas Comoras, Madagascar endureció sus relaciones diplomáticas y Naciones Unidas amenazó con aplicar sanciones económicas al régimen.
A partir de este momento Denard, junto a otros 30 mercenarios, dirigió una guardia personal del presidente, de 650 hombres, convirtiéndose en un personaje clave de la vida política del archipiélago. El 26 de noviembre de 1989 Denard lideró un golpe de Estado que derrocó a Abdallah, asesinado durante los enfrentamientos.
El gobierno Francés suspendió su ayuda económica y emprendió negociaciones para expulsar a los mercenarios de Denard del archipiélago, que se rindieron a las tropas francesas el 15 de diciembre y partieron hacia Sudáfrica, donde permanecieron detenidos.
Las restricciones formales a la existencia de partidos políticos cesaron después de la muerte de Abdallah, y varios grupos de oposición retornaron del exilio.
En agosto de 1991 la Corte Suprema de la República dictó el «impedimento» del presidente Said Mohamed Djohar, acusándolo de graves «negligencias». Tras el intento fallido de destituir al presidente, a fines de 1991, los partidos políticos y Djohar celebraron un pacto de reconciliación nacional. Se formó un nuevo gobierno, encabezado por Mohamed Taki, dirigente de la Unión Nacional para la Democracia de Comoras (UNDC), a quien Djohar destituyó en julio acusándolo de incorporar a un ex mercenario francés al gabinete.
En octubre de 1993, cuando el casi octogenario Djohar estaba ausente del país, el primer ministro Caabi el Yachourtu Mohamed se proclamó «presidente interino» y se negó a devolverle el poder.
Djohar recuperó una presidencia «simbólica» en enero de 1996 y, en marzo siguiente, se realizaron elecciones generales que dieron la victoria a Taki, líder de la UNDC.
La Constitución de octubre de 1996, que sustituyó a la de 1992, incluyó, entre otras novedades, la creación de un Consejo de Ulemas (maestros islámicos) para controlar que las leyes estuvieran en conformidad con su visión de la ley islámica. La pena de muerte, suspendida en 1975, fue reinstaurada.
En agosto de 1997, un movimiento separatista encabezado por Abdallah Ibrahim exigió la independencia de la isla de Anjouan, donde vive la mitad de la población comorense. La exigencia fue ratificada en el referéndum de marzo de 1998 por más del 99% de los habitantes. La isla de Mohéli también reclamó su independencia. El 23 de abril de 1999, en Madagascar, se propuso un acuerdo que daba mayor autonomía a Anjouan y Moheli, establecía un gobierno interino y una presidencia rotativa entre las tres islas. Los delegados de Anjouan declinaron firmarlo, alegando que debían consultar a su pueblo. Se desataron violentos choques, tanto en Comoras como en Anjouan, que derivaron en un sangriento golpe de Estado dirigido por el Coronel Assoumani Azali el 30 de abril. Assoumani prometió elecciones en un plazo de 10 meses.
Un comité militar, liderado por el mayor Mohamed Bacar, tomó control de Anjouan en agosto de 2001 y le otorgó «autonomía regional con respecto a Comoras pero no separación total». Finalmente, un referéndum realizado en Njazidja apoyó una nueva constitución (ya aprobada en las otras dos islas) que mantenía la Federación, pero otorgando a cada parte mayor autonomía.
Assoumani, tras una disputada elección plagada de reclamos por irregularidades, fue confirmado como presidente federal en mayo de 2002. La Comisión de Ratificación declaró a Mohamed Fazul ganador de las elecciones de Moheli, también entre denuncias por irregularidades. Bacar triunfó en Anjouan y Abdou Soule Elbak en Gran Comora.
En las elecciones para el parlamento federal de abril de 2004, los partidos nacionales de tres islas autónomas –unidos, sobre todo, por sus oposición a Assoumani– ganaron la mayoría de los asientos. El presidente debería gobernar en minoría. La asamblea comenzó a sesionar en junio.
El periodista francés Morad fue arrestado en setiembre, acusado de «planear un golpe de estado» poco después de su llegada a Gran Comora. Junto con el periodista, fue detenido Said Larifor, líder del opositor Rassemblement pour une initiative de développement avec une jeunesse avertie (RIDJA), como presunto cómplice de Aït-Habbouche.
La visita de Assoumani a París, en enero de 2005, configuró la primera de un líder de Comoras a Francia en 30 años. Por dos veces, en abril y noviembre, el volcán Mount Karthala amenazó a Gran Comora con una erupción arrojando gran cantidad de ceniza. Miles de personas huyeron de sus casas.
El líder religioso Ahmed Abdallah Sambi ganó las elecciones presidenciales en mayo de 2006, tras derrotar a otros dos candidatos de Anjouan, la isla a la que le correspondía ejercer la presidencia rotativa de Comoras.
Tras las elecciones para gobernador de cada una de las islas, en junio de 2007, que fueron supervisadas por la Unión Africana, Francia se negó a reconocer el resultado en Anjouan. En esa isla, Bacar obtuvo la reelección, pese a que, por ley, no estaba en condiciones de presentar su candidatura.