El actual territorio de Ecuador ha estado poblado desde al menos el año 2500 a.C. La región fue en buena medida una zona con influencias, entre otras, de las civilizaciones nazca, tiahuanaco-huari, chibcha y mexica. También se ha sugerido contacto con pueblos del Pacífico, japoneses o polinesios, aunque sobre este aspecto existe todavía mucho debate. A inicios del siglo XV de la era cristiana, la nación cara, dirigida por la Dinastía Shiri, comenzó a expandirse al norte y centro de la pre-cordillera andina. Los cara se asentaron en el reino de Quito, que era la unidad mayor de una confederación que no ha dejado registros históricos. En la misma época, tanto la nación Chimú, proveniente de la zona costera norte del Perú, como el Imperio Inca, comenzaron a ejercer presión sobre los cara y demás pueblos asentados en la región.
En 1478 el inca Topa Yupanqui unificó los pueblos agrícolas ecuatorianos. En pocos años, la región norte del Tahuantisuyu adquirió gran importancia económica y Quito fue su centro comercial. Pero la rivalidad por la sucesión entre el quiteño Atahualpa y el cuzqueño Huáscar (ver historia de Perú) disminuyó el poderío del imperio.
De esta situación sacaron partido los conquistadores españoles, quienes al mando de Sebastián de Benalcázar sometieron al Reino de Quito en 1534. Durante la primera época del período colonial, el territorio formó parte del Virreinato del Perú, como Real Audiencia de Quito. Los textiles crudos eran por entonces la única industria de la Real Audiencia de Quito.
Con el reordenamiento efectuado por los Borbones en 1717 Quito pasó a integrar el Virreinato de Nueva Granada, que comprendía los actuales territorios de Ecuador, Colombia, Panamá y Venezuela. En 1809 se efectuó en Quito un levantamiento contra la autoridad de la corona. En 1822, invadiendo desde Colombia, los ejércitos del Simón Bolívar y Antonio José de Sucre apoyaron a los rebeldes patriotas. El 24 de mayo de ese año en Pichincha, cerca de Quito, Sucre venció a los españoles y aseguró la emancipación de Ecuador, que de esta manera se incorporó al proyecto bolivariano de la Gran Colombia.
En 1830 la Real Audiencia de Quito se separó de la Gran Colombia y adoptó el nombre de República del Ecuador.
En 1895 la Revolución Liberal comandada por Eloy Alfaro activó las esperanzas de las mayorías campesinas acerca de una solución a la cuestión agraria. Los bienes de la Iglesia se estatizaron, pero los latifundios no fueron afectados. Alfaro fue asesinado en 1912.
En 1914 Ecuador cedió a Colombia el territorio comprendido entre los ríos Caquetá y Putumayo. El presidente electo en 1916 –el liberal Alfredo Baquerizo Moreno– instauró la jornada laboral de 8 horas.
Un golpe militar en 1925 abrió un nuevo período reformista, pero el régimen no sobrevivió a la crisis económica mundial de 1929. Se abrió un período de inestabilidad, con 23 cambios presidenciales entre 1925 y 1948.
En 1941, tras una breve guerra con Perú, Ecuador debió renunciar a sus reivindicaciones de soberanía sobre una extensa parte de la Amazonia, perdiendo la provincia El Oro. El Protocolo de Paz firmado en 1942 en Río de Janeiro, con Argentina, Brasil, Chile y Estados Unidos como garantes, estableció la frontera entre ambos países, pero gran parte de ella quedó sin demarcar en el territorio.
En 1944 una insurrección popular derrocó al presidente Carlos Arroyo. Se instauró un gobierno populista encabezado por José María Velazco Ibarra e integrado por conservadores, comunistas y socialistas, bajo el nombre de Alianza Democrática. La Guerra Fría hizo imposible esa alianza y pronto la izquierda comenzó a ser perseguida. En 1962, bajo la presión de Estados Unidos, el gobierno de Carlos Arosemena rompió relaciones con Cuba.
En 1972 Ecuador comenzó a exportar petróleo, el que se transformó en el primer rubro de la economía, sustituyendo al plátano, el café y el cacao. Ese mismo año cambió también la situación política. El anciano líder populista Velasco Ibarra fue depuesto por cuarta vez por las Fuerzas Armadas. Durante el gobierno del general Guillermo Rodríguez Lara el país se incorporó a la OPEP, el Estado adquirió 25% de las acciones de la Texaco-Gulf e hizo una intransigente defensa de las 200 millas de mar territorial ante las pretensiones pesqueras de EE.UU, lo que originó la llamada «Guerra del Atún».
En agosto de 1979 asumió la presidencia Jaime Roldós, candidato de la Concentración de Fuerzas Populares y de la Democracia Popular. Ecuador restableció las relaciones diplomáticas con Cuba, China y Albania, y el gobierno trató de aplicar un programa que incluía la integración de poblaciones rurales y urbanas marginadas, pero debió enfrentarse con un parlamento hostil y con la oposición estadounidense. a su política de promoción de los derechos humanos y contraria a las dictaduras reinantes en América del Sur.
A fines de enero de 1981 estalló la «Guerra de los Cinco Días» entre Ecuador y Perú, con escaramuzas en zonas fronterizas mal delimitadas por el Protocolo de 1942.
Ese mismo año, un accidente de aviación nunca aclarado provocó la muerte de Roldós, y asumió el mando el vicepresidente Osvaldo Hurtado. Al año siguiente se produjo una honda crisis social causada por la puesta en práctica de las recetas del FMI y, además, por la intención cada vez más ostensible de igualar el aparato bélico de las fuerzas armadas peruanas.
En la década siguiente, la presidencia de Durán Ballén impulsó la privatización de empresas estatales y un rígido ajuste estructural, pero la economía no mejoró. Esto favoreció el acceso a la presidencia de Abdalá Bucaram, quien (tras ser declarado «insano» por el parlamento) fue depuesto a raíz de los fuertes tarifazos que decretó sobre servicios esenciales. Lo sustituyó Jamil Mahuad.
En 1990 el movimiento indígena irrumpió por primera vez en el escenario político. Desde esa fecha, además de presionar a través de la Confederación de Nacionalidades Indígenas de Ecuador (CONAIE) para que la Constitución de 1997 reconociera el carácter de pluriculturalidad y multietnicidad del Estado.
En medio de manifestaciones en todo el país, Mahuad anunció la dolarización de la economía, lo que precipitó el levantamiento de los indígenas, quienes invadieron el Parlamento y la Casa de Gobierno, con la ayuda de grupos militares. Una junta gubernamental formada por representantes del ejército, el poder judicial, los indígenas y los sindicatos, fue aclamada por la población. Sin embargo, presiones de Estados Unidos determinaron el arresto de los militares insurrectos y que Mahuad fuese sustituido por el vicepresidente Gustavo Noboa, militante del Opus Dei –congregación católica derechista– que, en abril de 2000, implementó la dolarización.
Grupos indígenas de Sucumbíos y Orellana –provincias del noreste– reclamaron en febrero de 2002 que la producción petrolera del país se llevara a punto muerto y declararon la huelga. Protestaban contra la construcción de un nuevo oleoducto a cargo del consorcio OCP Ecuador S.A. Como compensación por los daños de la construcción, reclamaban que la empresa entregase 10 millones de dólares para obras sociales en compensación por los daños. Luego de 15 días, el conflicto culminó con cuatro muertos y casi tres millones de dólares de pérdidas por la suspensión de los bombeos.
Lucio Gutiérrez, un coronel retirado que participó en la insurrección contra Mahuad, y el magnate bananero Álvaro Noboa (sin parentesco con el ex presidente Gustavo Noboa) alcanzaron la segunda vuelta electoral realizada el 24 de noviembre. Gutiérrez, al frente del Partido Sociedad Patriótica (PSP), ganó la presidencia con el 54,3% de los votos.
El ex presidente Gustavo Noboa –quien enfrentaba cargos de corrupción durante su gobierno– se exiló, en agosto de 2003, en República Dominicana. En octubre comenzó el juicio contra una empresa subsidiaria de la compañía petrolera Chevron-Texaco, acusada de destruir grandes extensiones selváticas y contaminar tierras y ríos de la provincia de Nueva Loja.
En noviembre, el presidente Gutiérrez fue acusado de recibir dinero de individuos vinculados al narcotráfico para su campaña política, lo que derivó en la renuncia de todo su gabinete ministerial.
Tras diez días de violencia en las cárceles, en abril de 2004 la policía pudo recobrar el control de los centros de detención que albergaban a unos 11 mil reclusos. Las protestas, que exigían mejoras en las condiciones de reclusión, derivaron en sangrientas disputas entre bandas rivales.
Luego de la concluyente derrota del PSP en las elecciones locales de octubre, la oposición pidió la renuncia de Gutiérrez, lo que fue desestimado por el presidente.
En agosto de 2005, una ola de protestas antigubernamentales, por presuntos casos de corrupción, desembocaron en la destitución de Gutiérrez por parte del Congreso. En su lugar asumió el vicepresidente Alfredo Palacio.
En la segunda vuelta de las elecciones presidenciales de noviembre de 2006 resultó vencedor, con el 57% de los sufragios, el economista y dirigente de izquierda Rafael Correa. En enero de 2007, en su primer discurso como presidente, Correa declaró que «el nefasto ciclo neoliberal ha sido definitivamente superado en América del Sur»; también anunció que lucharía por el ingreso de Ecuador al Mercosur para unificar los procesos integracionistas de América.
En abril se llevó a cabo un referendo para convocar una Asamblea Constituyente y comenzar la redacción de una nueva Constitución. La convocatoria fue aprobada con el 78% de los votos, lo que fue catalogado por analistas internacionales como un triunfo histórico para Correa, su principal promotor.