Varios siglos a.C., pastores semitas que habían emigrado de Arabia a la Mesopotamia llegaron a las costas del Mar Rojo, a lo que actualmente es Eritrea. La región estuvo vinculada al nacimiento del Reino Etíope, pero mantuvo bastante independencia hasta caer bajo dominio otomano en el siglo XVI. Entre los siglos XVII y XIX el territorio fue disputado por etíopes, otomanos, el Reino de Tigray, Egipto e Italia. En 1889 el Tratado de Wichale entre Italia y Menilek II de Etiopía reconoció las posesiones italianas en el Mar Rojo. Creada el 1º de enero de 1890, la colonia fue llamada Eritrea, por el Mare Erythraerum (Mar Rojo, en latín) de los romanos.
Eritrea fue la base principal en las invasiones italianas de Etiopía en 1896 y en 1935-1936. La dominación italiana se mantuvo hasta 1941, cuando la región pasó a dominio británico.
El 2 de diciembre de 1950 la ONU decidió que Eritrea debía convertirse en un estado federado dentro del Imperio Etíope. La resolución rechazó la demanda etíope de anexión, pero no definió el proceso para alcanzar la autodeterminación.
En Eritrea se eligió una asamblea nacional, que mantuvo cierta autonomía hasta 1962, cuando Haile Selassie obligó a un grupo de diputados eritreos a aprobar la anexión al territorio etíope. La decisión fue rechazada por los nacionalistas, que iniciaron una rebelión armada.
El Frente de Liberación de Eritrea (ELF), fundado en 1958 en El Cairo por el periodista y líder sindical Idris Mohamed Adem, inició las acciones guerrilleras en setiembre de 1961. En 1966 se produjo una división bajo la influencia del grupo más radical. Surgió así el Frente Popular de Liberación de Eritrea (FPLE). Por mediación de Sudán, en 1974, ambos grupos comenzaron a coordinar sus acciones. Años después el FPLE impuso su liderazgo dentro del movimiento rebelde.
Durante el gobierno pro-soviético de Mengistu en Etiopía, los eritreos sintieron que los cambios en Addis-Abeba no les facilitaban su autodeterminación y, por lo tanto, no tenían motivos para detener su lucha.
En febrero de 1990 el FPLE conquistó la ciudad de Asmara, los puertos de Massawa y Asseb, así como casi todo el territorio eritreo. La carretera entre Asseb y Adis-Abeba era la única vía terrestre de abastecimiento para la capital etíope.
En 1991, Asmara y Adis-Abeba comenzaron a relacionarse de Estado a Estado. Los puertos del Mar Rojo fueron reabiertos para permitir la entrada de la ayuda internacional.
En el plebiscito de abril de 1993 el 99,8 % de los votantes se pronunció por la independencia. El FPLE formó un gobierno provisorio dirigido por Isaias Afwerki y un año más tarde se convirtió en partido político (Frente Popular para la Democracia y la Justicia). Tras ingresar a la ONU en 1993, en febrero de 1994 Eritrea se integró al FMI.
Los combates con Etiopía se reanudaron en febrero de 1999. La guerra se expandió incluyendo a Nigeria, que canalizaba armas para los eritreos, y a Kenia, que movilizó fuerzas a lo largo de su frontera con Etiopía.
En junio, Afwerki y su primer ministro Meles Zenawi aceptaron la propuesta de la Organización de la Unión Africana (OUA) para un inmediato cese el fuego y retiro de tropas de las zonas en disputa. En setiembre del mismo año, Eritrea aceptó el plan de paz propuesto por la ONU, en tanto Etiopía mantenía algunas discrepancias.
Once funcionarios gubernamentales –oficialistas– fueron detenidos en setiembre de 2001 acusados de «traidores» por criticar al gobierno y exigir reformas democráticas.
En abril de 2002 la Corte Permanente de Arbitraje de La Haya dictaminó sobre la frontera entre Eritrea y Etiopía. La frontera de 1.000 kilómetros fue fijada por un tribunal de cinco especialistas internacionales. Las ciudades fronterizas de Zalembessa, Alitena y Bada fueron adjudicadas a Etiopía, mientras que Badme –lugar donde se inició la guerra en 1997– fue asignada a Eritrea.
Debido a las grandes sequías que azotaron África, en 2003 el país atravesó una de las peores crisis alimentarias desde su independencia.
Pasado un período en que las tensiones fronterizas se incrementaran, debido a que Etiopía desconociera el dictamen de la Haya y los límites no se terminaban de demarcar, en marzo de 2006 se logró un acuerdo entre Asmara y Adis-Abeba para reanudar el proceso de demarcación.
En abril de 2007, el gobierno prohibió la práctica de la mutilación genital femenina y anunció que sería penalizado severamente todo acto destinado a promover, provocar o incitar la práctica. Según datos de organizaciones no gubernamentales eritreas, el 90% de las mujeres del país padecía los daños de la mutilación genital.
En mayo de 2007, la Misión de Naciones Unidas para Etiopía y Eritrea señaló que la presencia de tropas a ambos lados de la frontera había aumentado, lo que evidenciaba un estancamiento en el proceso de paz.