Entre los siglos XIII y XV d.C., los pueblos fang y ndowe se instalaron en la zona conocida como Río Muni y en las islas conocidas como «densamente pobladas», desplazando a la población pigmea (los bayele), de la que sólo restan pequeños grupos en la actualidad.
Tras el reparto colonial, la zona del Río Muni y el conjunto de islas, pasaron a denominarse Guinea Ecuatorial. Los reyes de Portugal, que se proclamaban dueños del territorio, cedieron a España el entonces llamado Distrito de Biafra, a cambio de tierras españolas en el sur de Brasil, que les despertaban más interés, (Tratados de San Ildefonso y Pardo, de 1777 y 1778). En 1778 partió de Montevideo la primera expedición que debía ocupar las islas, pero su comandante, Argelejos, sucumbió en lucha contra los annobonenses; los sobrevivientes regresaron al Río de la Plata bajo órdenes del teniente Primo de Rivera. Mientras tanto, franceses e ingleses fueron adueñándose del territorio hasta que los británicos lo ocuparon y fundaron allí los primeros poblados.
Entre 1843 y 1858 España reconquistó el territorio y se reconocieron sus derechos. Los colonos españoles de Bioko apoyaron a Franco en la Guerra Civil Española de 1936 y luego obtuvieron poderes casi totales sobre el territorio.
Desde 1963 la colonia vivió un régimen de autonomía interna que permitió la existencia legal de varios partidos políticos. Mientras tanto, la presión internacional se hizo tan fuerte que la España franquista debió reconocer la independencia de Guinea Ecuatorial, proclamada oficialmente el 12 de octubre de 1968.
Francisco Macías Nguema asumió la presidencia y, un año después, y con el pretexto de un presunto intento de golpe de Estado, inició la represión violenta de la oposición, con un saldo de miles de presos políticos, asesinatos, desapariciones y 160.000 exiliados.
En agosto de 1979 un golpe de Estado dirigido por el teniente coronel Teodoro Obiang Mba Nzago, sobrino del presidente, terminó con el poder personalista de Macías, quien fue ejecutado por «crímenes contra la humanidad». Obiang estableció el Consejo Militar Supremo.
El nuevo régimen continuó con las prácticas represivas del anterior, sin que cambiaran tampoco los grupos que se beneficiaban, vinculados ahora al Partido Democrático de Guinea Ecuatorial (PDGE), único partido legal. La Alianza Nacional para la Recuperación de la Democracia se formó en el exilio y sus intentos por negociar con Obiang fueron infructuosos.
El inicial acercamiento del país con el bloque soviético se revirtió cuando Obiang integró el país en la Unión Aduanera y Económica de África Central, vinculando el ekwele (moneda nacional) a los bancos centrales de la región. Esta medida provocó la drástica reducción de las facilidades proporcionadas por los soviéticos y alemanes orientales.
Después de su reelección en 1989, Obiang visitó Francia y con posterioridad Guinea Ecuatorial solicitó su integración a los países francófonos y adoptó el franco CFA como moneda.
Diez partidos políticos fueron legalizados a principios de 1993. La liberación de todos los presos políticos, a fines de marzo, fue acordada con la Plataforma de Oposición Conjunta (coalición de diez partidos legalizados, formada en noviembre de 1992). En agosto tuvieron lugar las primeras elecciones pluripartidarias, pero el PDGE las boicoteó y ganó 68 de las 80 bancas.
En medio de acusaciones, detenciones arbitrarias y torturas, el gobierno fijó las elecciones presidenciales para principios de 1996. En febrero de ese año, poco antes de los comicios, el gobierno disolvió la Plataforma de Oposición y detuvo a varios de sus miembros. El 25 de febrero Obiang triunfó en la votación –calificada de “farsa” por la oposición–, con 99% de los votos, pero con una abstención del 80% del electorado.
Ese mismo año se descubrieron gigantescos yacimientos petrolíferos. Las exportaciones de petróleo produjeron un crecimiento histórico de la economía. En 1997 el PBI creció un 71,2%, en 1998 un 22% y en 1999 un 15%, lo que duplicó el tamaño de la economía en menos de tres años.
Si bien el ingreso per cápita creció de 370 a 2.000 dólares entre 1995 y 2000, las cifras sólo disimulaban la persistencia de una distribución desigual. El espectacular crecimiento de la economía permitió, empero, ciertos cambios positivos en los servicios sociales (salud y educación).
En febrero de 2001, Cándido Muatetema Rivas fue designado primer ministro, luego que Obiang acusara a Angel Serafín Seriche Dougan de generar una crisis constitucional y lo destituyera por «no respetar la opinión del pueblo y los intereses del país». Al mes siguiente, ocho partidos de la oposición en el exilio formaron una coalición en España para monitorear la política interna del país, afirmando que la democracia bajo el gobierno de Obiang no era más que un título.
En julio, el exiliado Florentino Ecomo Nsogo, líder del Partido para la la Reconstrucción y el Bienestar Social (PRBS), regresó al país.
El descubrimiento de yacimientos de gas natural en 2001 provocó otro salto en el crecimiento de la economía, que superó el 50%. Gran parte de las inversiones se volcaron a la construcción, lo que reactivó a otros sectores productivos, y permitió que parte de la riqueza generada llegara a los sectores más desfavorecidos.
En junio de 2002 68 personas –entre quienes se encontraba el principal líder de la oposición, Plácido Micó Abogo– fueron apresadas, acusadas de tramar un golpe contra Obiang.
En las elecciones de diciembre de 2002 el presidente fue reelecto con el 100% de los votos, de acuerdo a datos oficiales. Los líderes de la oposición denunciaron el proceso electoral como fraudulento.
En enero de 2004 renunció Silvestre Siale, presidente de la Suprema Corte de Justicia. En su carta de dimisión, dirigida a Obiang, Saile señaló que había dedicado, sin resultados, todo su esfuerzo a los servicios del poder judicial.
En marzo fueron arrestados 15 mercenarios acusados de intentar derrocar al gobierno de Obiang. El grupo de mercenarios estaría vinculado a un grupo de detenidos en Zimbabwe.
En abril, en las elecciones parlamentarias y municipales, el PDGE, de Obiang y los partidos aliados al mandatario obtuvieron 98 de las 100 bancas y prácticamente todos los 244 puestos municipales. Los observadores internacionales criticaron tanto la forma en que se realizaron los comicios como los resultados electorales.
La epidemia de cólera declarada en febrero de 2005 se convirtió en la principal causa de defunciones en la isleña región de Bioko, donde se encuentra la capital del país. Un promedio de entre tres y cinco cadáveres eran sepultados diariamente en los cementerios, principalmente el de Malabo, y se llegaron a enterrar 30 cuerpos en un solo día.
Un informe del Comité para la Protección de los Periodistas (CPJ) de mayo de 2006 ubicó a Guinea Ecuatorial como el país africano con mayor censura mediática. El informe señalaba que «el poder de la comunicación está bajo control total de la elite en el poder». En el país existía una única emisora privada de radiotelevisión, cuyo propietario era el hijo del presidente.
En abril de 2007, el partido opositor Convergencia para la Democracia Social llamó a la comunidad internacional a que supervisara el proceso de las elecciones municipales, legislativas y presidenciales previstas para 2008 y 2009. Según los opositores, al igual que en elecciones anteriores, Obiang iba a imponer el voto público y evitar la presencia de observadores internacionales. A su vez, el gobierno no había convocado a la oposición ni a organismos internacionales para que participaran en la organización de los comicios, lo que era visto como un «claro preludio de fraude en gestación».