Guam tiene una historia común con el resto del archipiélago micronesio (ver Micronesia). La población nativa, establecida desde hace miles de años en la isla, entre 1668 y 1695 sufrió una guerra de exterminio por parte de los colonizadores españoles.
Como resultado de la agresión armada y de las epidemias (los nativos no eran inmunes a las enfermedades europeas), la población descendió de 100.000 habitantes a comienzos del siglo XVII a menos de 5.000 en 1741.
Aquellos sobrevivientes se mestizaron con los inmigrantes españoles y filipinos y dieron origen al pueblo chamorro actual.
Durante tres siglos Guam fue puerto de escala en la ruta de los galeones entre Filipinas y Acapulco (México), de donde seguían rumbo a la metrópoli.
Por el Tratado de París de 1898, Guam pasó de España a Estados Unidos como botín de guerra, junto con las Filipinas, y continuó sirviendo de escala hasta que fue invadida por los japoneses en 1941. Reconquistada en 1944, fue convertida en base militar.
Desde 1973 las Naciones Unidas han reclamado de Washington –sin resultados positivos– que se permita a los isleños ejercer libremente su derecho a la autodeterminación. En enero de 1982 se sometió a plebiscito el régimen de estado federado a los Estados Unidos, pero la votación no alcanzó la necesaria mayoría absoluta.
En un plebiscito sobre la autodeterminación, el 75% de los votantes se pronunció afirmativamente por la implantación de un sistema de asociación con Estados Unidos.
En la Asamblea General de las Naciones Unidas celebrada en diciembre de 1984, se recomendó a los Estados Unidos que tomara todas las medidas para que se cumpliera en Guam un estricto proceso de descolonización. También se reafirmó la convicción de que la existencia de bases militares era el mayor obstáculo para que la población pudiera ejercer con total libertad el derecho a la autodeterminación.
En febrero de 1987 el ex gobernador, Ricardo Borballo, que había sido elegido en 1984, fue declarado culpable de soborno, extorsión y conspiración contra la justicia.
A partir de 1996 se reanudaron las conversaciones entre Naciones Unidas y Estados Unidos sobre el derecho de autodeterminación política y la creación de un Estado Libre Asociado. Una organización de terratenientes reclamó al gobierno incluir en las tratativas al territorio ocupado por los militares estadounidenses. Guam era considerado por Washington un enclave geoestratégico de primer orden.
Anderson, la base aérea en Guam, también es sede de ejercicios, maniobras militares y prácticas de guerra de los marines.
Guam padeció extremas dificultades durante la Segunda Guerra Mundial. En 2003, el Comité Consultivo Federal estableció una comisión investigadora que realizó entrevistas e investigaciones hasta junio de 2004. Recibió cerca de 70 testimonios de sobrevivientes, en busca de una determinación por la cual Estados Unidos tratara a Guam de la misma forma que a otros territorios (como Filipinas y Micronesia), los cuales recibieron una remuneración relacionada con la ocupación japonesa durante la guerra.
La tasa de erosión del suelo en la isla se ha duplicado en los últimos 30 años. La principal causa del fenómeno ha sido la destrucción de bosques para construir carreteras. Cada año, Guam pierde unas 243 toneladas de tierra por acre.