Alrededor del año 2000 a.C., grupos nómades semitas, conocidos como amoritas, entraron a la región que sería llamada Canaán (actual Jordania e Israel). A mediados del segundo milenio se establecieron en el valle del Jordán, que se convirtió en un área de lengua semítica. Durante los siglos XV a XIII a.C., pequeños reinos tribales que aparecen en el Antiguo Testamento: Edom, Moab, Bashan, Gilead, dominaron Canaán hasta la conquista total por parte de los israelitas entre los años 1220 y 1190 a.C. En el año 722 a.C. Israel fue tomado por los Asirios, quienes dividieron la región del Jordán en provincias.
Entre los siglos III y I a.C., en Jordania convivían tres pueblos: judíos, griegos (veteranos de las campañas de Alejandro Magno) y nabateos (árabes nómades llegados a Edom en el siglo VII a.C). En el siglo I a.C. las legiones romanas removieron a los últimos seléucidas de Siria, convirtiendo la región en una provincia romana.
Para frenar la expansión musulmana, en el año 636 el Emperador bizantino Heraclius enfrentó a los árabes en el río Yarmuk. La victoria dio acceso a los musulmanes a la Media Luna Fértil (ver Arabia Saudita). En la primera etapa de las Cruzadas, la parte occidental del territorio jordano se usó en la lucha contra las fortificaciones europeas.
Desde la dominación turca en el siglo XVI hasta el estallido de la Primera Guerra Mundial, el territorio formó parte del distrito de Damasco.
Las tribus jordanas participaron en la rebelión árabe contra los turcos, decisiva para la derrota otomana. Por el Tratado de Sykes-Picot de 1916, Inglaterra controlaba Irak y Palestina, en la que estaba incluida la actual Jordania. Los ingleses habían prometido al jerife Hussein, de La Meca, formar un solo reino árabe con esos territorios y la península arábiga.
La situación de Faisal –hijo del jerife– en Siria (bajo dominio francés) y su expulsión en 1920, hizo que el Príncipe Abdullah –otro hijo de Hussein– apoyara, con fuerzas beduinas, a su hermano. Los ingleses lo convencieron de aceptar el gobierno del emirato de Transjordania.
Este emirato siguió bajo mandato británico hasta 1928, cuando se fijaron las fronteras con Palestina y se promulgó una ley que daba a Abdullah y sus herederos el poder sobre el estado. Las relaciones exteriores y el comando del ejército permanecieron bajo control inglés hasta 1946, cuando el emirato se transformó en «Reino Hashimita de Transjordania». Luego de la guerra árabe-israelí de 1948, el Rey Abdullah anexó la margen occidental del Jordán. El país pasó a llamarse Jordania, pero adquirió problemas vinculados a la situación de los refugiados palestinos, el estatus jurídico de Jerusalén, y la duplicación de su frontera con Israel.
En 1951 Abdullah fue asesinado y le sucedió su hijo, Talal. Este mostró actitudes antibritánicas y prometió un gobierno progresista, pero un año después fue depuesto. En 1953 ocupó el trono su hijo Hussein, de 17 años.
En 1967, la Guerra de los Seis Días –en que participaron Israel por un lado y Egipto, Siria y Jordania por otro– aparejó graves consecuencias para el Reino de Hussein. Además de sufrir grandes bajas militares, perdió un tercio de sus tierras más fértiles y las ciudades de Bethlehem, Hebrón, Jericó, Nablus, Ramallah, y Jerusalén.
Con la ocupación israelí de Cisjordania, el reino recibió gran número de palestinos, expulsados por los israelíes, primero de sus tierras en 1948 y luego (unos 200 mil) de sus refugios en 1967. En 1970, una serie de acciones guerrilleras, secuestros y el deseo de Hussein de reemplazar a la Organización para la Liberación de Palestina (OLP) como portavoz de los palestinos, fueron –entre otras– las razones que llevaron a la masacre de palestinos, perpetrada por el ejército jordano, conocida como «setiembre negro».
Después de la guerra árabe-israelí de 1973, el rey restableció relaciones con la OLP, a la cual reconoció en 1979 como única y legítima representante de los palestinos.
En 1985 el Rey Hussein y el líder palestino Yasser Arafat se reconciliaron; en julio de 1988 el rey renunció a todo reclamo sobre Cisjordania y pasó a la OLP la responsabilidad sobre esos territorios ocupados por Israel.
Al invadir Irak a Kuwait en agosto de 1990, Jordania quedó en difícil posición, militarmente flanqueado por Israel e Irak, con la mayoría de súbditos que apoyaban a Irak y dependiendo de Arabia Saudita para sus finanzas y de Bagdad para su petróleo. Aunque se sumó al bloqueo comercial contra Bagdad, se opuso al uso de la fuerza militar para hacer cumplir las resoluciones del Consejo de Seguridad.
Pese a de su dependencia del petróleo iraquí, Jordania recortó el comercio con Bagdad en 1996. Redujo las exportaciones a Irak en 50% y autorizó a Washington a usar una base aérea en su territorio.
El rey Hussein falleció el 7 de febrero de 1999, tras designar un nuevo sucesor, su hijo de 37 años. Para eso, cambió a su heredero, Abdullah ibn al-Hussein, y desplazó a su hermano Hassan.
Al asumir Abdullah II, el proceso de paz palestino-israelí estaba estancado, e Irak soportaba los ataques de Estados Unidos.
En febrero de 2002, Abdullah II apoyó la calificación de Washington sobre Irán, Irak y Corea del Norte como «eje del mal». Con Israel, el gobierno se vio presionado a tomar una postura menos cordial. El canciller Marwan Muasher convocó al embajador israelí en marzo y amenazó con tomar medidas en protesta contra el ataque a la sede de la Autoridad Palestina y solicitó al Consejo de Seguridad de la ONU el envío inmediato una fuerza militar a los territorios palestinos.
En setiembre de 2002, en la iniciativa conjunta más importante hasta el momento, Jordania e Israel acordaron un plan de 800 millones de dólares para transportar agua desde al Mar Rojo hasta el muy disminuido Mar Muerto.
En las primeras elecciones parlamentarias bajo el reinado de Abdullah II, en junio de 2003, los candidatos independientes que apoyaban al rey ganaron dos tercios de los escaños.
En agosto de 2003, murieron 11 personas y hubo más de 50 heridos al estallar una bomba en la embajada jordana en Bagdad, Irak. El estallido destruyó el frente del edificio. Jordania fue duramente criticada por algunos iraquíes y países vecinos por apoyar la guerra de EEUU y el Reino Unido contra Irak y por permitir a soldados extranjeros utilizar su territorio como base.
El Banco Central de Jordania se retractó en setiembre de su decisión de congelar las cuentas pertenecientes a líderes de Hamas (ver historia de Palestina).
En abril de 2004 una corte jordana sentenció pena de muerte para ocho militantes islámicos por el asesinato, en octubre de 2002, del diplomático estadounidense Laurence Foley. Uno de los sentenciados, pese a no encontrarse presente, fue Abu Musab al-Zarqawi, ciudadano jordano sospechoso de pertenecer a la red al-Qaeda. Zarqawi, acusado por el gobierno jordano de ser autor intelectual del hecho.
El 11 de noviembre de 2005 tres atentados simultáneos contra hoteles de cadenas estadounidenses en Ammán -Grand Hyatt, Days Inn y Radisson SAS - provocaron la muerte de 67 personas y dejaron otras 300 heridas. La mayor parte de las víctimas eran jordanos, aunque también había numerosos palestinos de Cisjordania. Una organización operativa en el invadido Irak, y liderada aparentemente por Zarqawi, se adjudicó la autoría de los ataques en una declaración difundida por internet.
Ammán y Madrid acordaron, en abril de 2006, coordinar y potenciar esfuerzos para «cerrar las puertas a la intolerancia y el fanatismo» de todo signo que subyacen a las «amenazas globales a la seguridad mundial», especialmente al terrorismo.
El mismo mes, Jordania acusó al Movimiento de Resistencia Islámica (Hamas), que encabezaba el gobierno de Palestina, de planear atentados contra Ammán. Según el gobierno jordano, los atentados fueron impedidos gracias a la detención de un «número importante» (no dado a conocer por el gobierno) de sospechosos.
Mientras, Sami Abu Zuhri, portavoz de Hamas, rechazó las acusaciones y aseguró que su facción no tenía ningún grupo armado en Jordania ni en ningún otro país.
La policía de Ammán detuvo, en julio de 2007, a 7 miembros del opositor Frente de Acción Islámico –un partido con 17 bancas parlamentarias–, que según las autoridades estaban planificando acciones militares contra el gobierno.