Los atolones de Kwajalein y Bikini irrumpieron en la historia contemporánea en febrero de 1944, cuando las tropas estadounidenses bombardearon intensamente los islotes de las Marshall y luego los ocuparon tras una prolongada batalla contra tropas japonesas. El encarnizamiento por el control de unas minúsculas formaciones coralinas emergentes –que, como cuentas de un collar, bordean grandes lagunas–, fue justificado por el carácter estratégico de esas posiciones.
En 1979, Estados Unidos propuso el régimen de Estado Libre Asociado para las cuatro divisiones administrativas de la zona. En el caso de la República de las Islas Marshall (nombre oficial a partir de 1982), Estados Unidos accedió a que al gobierno local se le otorgara jurisdicción no sólo en asuntos internos, sino también en lo referente a relaciones exteriores, pero a cambio de declararlas «zona militar» para usos específicos. Así se formalizaba lo que de hecho ya ocurría: entre 1946 y 1958 los atolones de Bikini y Kwajalein habían sido escenario de pruebas nucleares que convirtieron a las Islas Marshall en la zona de mayor contaminación radiactiva conocida.
En 1961 Kwajalein se convirtió en polígono para misiles, específicamente los ICBM –Misiles Balísticos Intercontinentales– disparados desde California. En la década de 1980 los mandos dispusieron que el atolón fuera la zona de prueba de los nuevos misiles MX. Con ese motivo, Estados Unidos evacuó a la población nativa del atolón y prohibió el acceso a civiles.
En el caso del atolón Bikini, entre 1946 y 1958 se realizaron 23 pruebas, incluida la detonación de la primera bomba H. Los habitantes de Bikini –evacuados al atolón Rongelap– insistieron en regresar. De un total de 600 bikinianos, en 1979 vivían 130 en el atolón, y presentaban en su organismo una dosis de plutonio muy superior a los límites de peligrosidad admisibles.
Los habitantes de Bikini y los de Rongelap demandaron a Washington por 450 millones de dólares. Los demandantes presentaron informes oficiales que demostraban que la exposición de los nativos a la lluvia de polvo radiactivo en 1954 fue intencional, para estudiar los efectos de las explosiones sobre seres humanos. Otros documentos oficiales probaron en 1995 que los riesgos eran conocidos pero nunca se había informado a la población. Hasta este momento, Estados Unidos ha pagado cerca de 100 millones de dólares en compensación por los daños causados a raíz de las pruebas nucleares.
En octubre de 1986, Estados Unidos y las Marshall firmaron un pacto por el cual las islas pasaron a la condición de Estado Libre Asociado, responsable de sus asuntos políticos. Estados Unidos se haría cargo por 15 años de la defensa (estableciendo una importante base de aviación militar) del nuevo Estado, a cambio de ayuda financiera.
En las primeras elecciones del nuevo Estado, en 1986, Amata Kabua fue elegido presidente. En 1988 las Islas Marshall fueron admitidas en el Acuerdo de Cooperación Económica y Comercio Regional del Pacífico Sur.
En abril de 1990, EE.UU. anunció que utilizaría la zona para destruir armas químicas instaladas en Europa hasta esa fecha. Defensores del medio ambiente denunciaron, además, los planes para verter 25 millones de toneladas de desechos tóxicos en el atolón entre 1989 y 1994. En setiembre de ese año, las Islas Marshall fueron admitidas como estado miembro de las Naciones Unidas.
El canciller Tony de Brun fundó el Partido Democrático Ralik Ratak (Ralik Ratak Democratic Party) en junio de 1991, luego de distanciarse del presidente Kabua quien, tras ser reelecto para su cuarto mandato consecutivo, falleció en diciembre de 1996. En enero de 1997, el parlamento designó como nuevo presidente a Imata Kabua, primo del mandatario fallecido.
La oposición consiguió en junio la suspensión del proyecto de almacenamiento de desechos nucleares. El gobierno anunció la construcción de un gran complejo de hoteles y casinos, financiado con capitales surcoreanos.
En febrero de 1998, la banca asiática expresó su satisfacción por las reformas económicas que, según el gobierno, estaban relacionadas con el fin de la ayuda financiera proveniente de Washington.
Luego de las legislativas de 2003, Kessai Note fue reafirmado en su cargo, que asumió en enero de 2004. Note anunció que sus objetivos estarían centrados en políticas anticorrupción, en respuesta a denuncias que ubicaban a las islas entre los estados con más graves problemas de lavado de dinero.
En marzo de 2006, la Asamblea General de la ONU aprobó una resolución para crear un nuevo Consejo de Derechos Humanos. Esta última fue votada por amplia mayoría, con la oposición de sólo cuatro naciones: Marshall, EE.UU., Israel y Palau. Estos cuatro países suelen votar juntos, como por ejemplo en reiteradas ocasiones en favor del bloqueo a Cuba o en favor de la invasión a Afganistán e Irak.
Los isleños hicieron saber, en junio de 2007, su negativa a firmar un nuevo contrato de arrendamiento de sus tierras a Estados Unidos, hasta 2086, para que fueran realizadas pruebas con misiles. Esta negativa era una traba en Majuro, que consideraba como un hecho el nuevo acuerdo en reemplazo del que expiraba en 2016.