La zona que históricamente se llamó Macedonia pertenece a la actual república del mismo nombre y a los Estados de Serbia, Bulgaria y Grecia. Evidencias arqueológicas muestran la presencia de asentamientos humanos entre el 7000 y el 3500 a.C. Pueblos indoeuropeos semi nómades llegaron entonces a la península Balcánica. Durante el primer milenio a.C. la región estuvo habitada por una mezcla de pueblos tracios, ilirios, dacios y griegos.
En el reinado de Filipo II (359-336 a.C) Macedonia alcanzó una posición dominante en Grecia. Bajo su hegemonía se creó la Liga de Corinto que reunía a todas las ciudades-Estado griegas, con excepción de Esparta.
Alejandro III (El Magno), hijo de Filipo y alumno del filósofo Aristóteles, venció al Imperio Persa, llevó su ejército al norte de África, la península Arábiga, Mesopotamia y llegó a la India. En 11 años formó el más extenso imperio hasta entonces conocido. Su imperio tuvo como objetivo la urbanización de Oriente y la fusión de la cultura griega con la oriental, dando origen a lo que se conoce como helenismo.
Luego de su muerte en 323 a.C., sus generales comenzaron la lucha por la sucesión, que llevó al desmembramiento del imperio en tres grandes reinos: Egipto, Macedonia y Asia. Este período, que se inicia con la muerte de Alejandro y se extiende hasta la fundación del Imperio Romano, es llamado helenístico.
En el siglo II a.C. los romanos comenzaron su expansión en la península Balcánica, a la que llegaron en busca de metales, esclavos y productos agrícolas.
En el año 168 a.C., Perseo, derrotado por los romanos, se vio obligado a disolver el reino de Macedonia; en el año 148 ésta pasó a ser una provincia de Roma.
Las invasiones de godos, hunos y ávaros en los Balcanes no alteraron en forma significativa la composición étnica de los macedonios, mientras que los eslavos se asentaron de manera estable en la región.
Entre los siglos VII y XIV, Macedonia fue sometida por los imperios de turno en la región (búlgaro, bizantino y latino), hasta quedar casi completamente dominada por los serbios.
En 1389, luego de la batalla de Kosovo, Serbia reconoció la soberanía turca y en 1459 se integró al Imperio Otomano. Los otomanos se apropiaron de las mejores tierras y establecieron un sistema feudal. Los campesinos cristianos fueron sometidos por los señores musulmanes.
En 1864, el Imperio Otomano dividió Macedonia en tres provincias: Salónica, Monastir, con parte de Albania, y Kosovo, perteneciente a la antigua Serbia. En 1878, Rusia impuso a Turquía la creación de Bulgaria, que abarcó la mayor parte de Macedonia, pero las otras potencias europeas la devolvieron a los otomanos. En los años siguientes, búlgaros, serbios y griegos continuaron reivindicando sus derechos sobre Macedonia.
A fines del siglo XIX, se desarrolló un fuerte movimiento nacionalista. En 1893 se creó la VMRO (Vatreshna Makedonska Revolutsionna Organizatsia), con el lema de «Macedonia para los macedonios».
Tras la caída del Imperio Otomano en 1908, los reclamos por la posesión de territorios turco-otomanos en esa región culminaron en las dos Guerras de los Balcanes, en 1912 y 1913.
El Tratado de Bucarest (1913) puso fin a la Segunda Guerra Balcánica. Bulgaria perdió Macedonia, que fue repartida entre Grecia (Salónica y la mayor parte de la Macedonia costera) y Serbia (región central y norte). Albania pasó a ser un principado autónomo.
Los Balcanes se transformaron en el polvorín de Europa y provocaron finalmente la Primera Guerra Mundial. Al fin de ésta se confirmó la partición de 1913 y la Macedonia eslava fue incorporada al nuevo reino serbio, croata y esloveno.
En el período de entreguerras, la dominación impuesta por la dinastía serbia agudizó los conflictos interétnicos en Yugoslavia. El Rey Alejandro, que asumió poderes dictatoriales en 1929, fue asesinado en Marsella en 1934 por nacionalistas croatas. Al comienzo de la Segunda Guerra Mundial, el país estaba dividido internamente y fue incapaz de ofrecer una resistencia al invasor.
La lucha patriótica yugoslava se fortaleció en los años siguientes con las guerrillas dirigidas por la Liga de los Comunistas Yugoslavos (LCY). En 1945 se formó la República Popular Federativa de Yugoslavia, integrada por seis repúblicas (Eslovenia, Croacia, Bosnia-Herzegovina, Montenegro, Serbia y Macedonia) y dos regiones autónomas pertenecientes a Serbia (Kosovo y Voivodina).
En ese año Tito (Josip Broz) fue electo presidente. Nacionalizó el comercio, la banca y colectivizó la agricultura. Tomó distancia de Moscú e inició la «vía nacional yugoslava al socialismo». En política exterior mantuvo una posición destacada entre los países no alineados.
El sistema yugoslavo distinguía entre los «pueblos constitutivos» de la Federación (serbios, croatas, eslovenos, macedonios, etc.) y las nacionalidades. Éstas, como no tenían un Estado o su Estado de referencia estaba fuera de la Federación, fueron consideradas «minorías nacionales», más allá de la importancia numérica que tuvieran en cada región. Los albaneses recibieron ese estatuto. Eran mayoría en la población de la provincia autónoma de Kosovo a la que pertenecían, aunque minoritarios en la República Serbia, de la cual Kosovo formaba parte.
Luego de la muerte de Tito estalló el conflicto entre las repúblicas que integraban la Federación. En 1989, el gobierno federal eliminó de la Constitución toda referencia a las minorías. En enero de 1990 el Congreso Extraordinario de la Liga de los Comunistas de Yugoslavia no aceptó la propuesta de conceder mayor autonomía a las filiales republicanas de la Liga. Los comunistas de Eslovenia, Croacia y Macedonia se separaron de la Liga de Yugoslavia y formaron la Liga de los Comunistas-Partido de la Renovación Democrática.
Eslovenia y Croacia fueron las primeras repúblicas en escindirse, al precio de un conflicto con Serbia. El 8 de setiembre de 1991, los macedonios se pronunciaron en un plebiscito por la independencia. Todos los partidos políticos de Macedonia, excepto la minoría étnica albanesa, apoyaron la decisión.
Grecia impugnó el reconocimiento de Macedonia, por considerar que esa denominación era una usurpación del nombre de una provincia griega y de la historia y la cultura de su país.
En el plebiscito del 12 de enero de 1992 la minoría albanesa de Macedonia votó a favor de la creación de su propio Estado independiente. El 3 de abril, en el territorio de Macedonia fue proclamada una República Independiente de Ilírida (república de los albaneses residentes en Yugoslavia). Ese año las Naciones Unidas aprobaron el envío de tropas para el control de los conflictos interétnicos.
La Nueva Federación Yugoslava retiró sus tropas estacionadas en el país. En julio, el gabinete dimitió en pleno al no haber conseguido el reconocimiento internacional. El socialdemócrata Branko Crvenkovski asumió como primer ministro en agosto y logró que Macedonia fuera reconocida por Rusia, Albania, Bulgaria y Turquía.
En abril de 1993, el país fue reconocido como miembro de las Naciones Unidas con el nombre provisorio de «Ex República Yugoslava de Macedonia».
En 1996, un plan de privatizaciones llevó a la ruptura de la coalición de gobierno. Las elecciones parlamentarias de octubre y noviembre de 1998 le dieron la mayoría a una nueva coalición, llamada Organización Interna Revolucionaria de Macedonia-Partido Democrático para la Unidad Nacional Macedonia (OIRM-PDNM), que obtuvo 28,1% de los votos.
Para evitar problemas con la minoría albanesa mientras subía la tensión en la vecina Yugoslavia, el gobierno pidió a la OTAN que estacionara fuerzas en la frontera. Al comenzar los bombardeos contra Yugoslavia en marzo de 1999, Macedonia puso tropas y su espacio aéreo a disposición de la OTAN y abrió las fronteras a refugiados albaneses provenientes de Kosovo. UNICEF informó que ese mes unos 360 mil refugiados llegaron a Macedonia.
En marzo de 2001 estalló una revolución reclamando mayores derechos para la minoría albanesa, que trajo consigo una ola de refugiados y la toma de algunos territorios por parte de los rebeldes del Ejército de Liberación Nacional (ELN). En agosto, tras la intervención de la comunidad internacional, los rebeldes depusieron las armas a cambio del reconocimiento de la minoría albanesa.
Tras dilaciones y rupturas del cese el fuego, el Parlamento aprobó en noviembre reformas constitucionales que otorgaban mayores derechos a los albaneses. Se inició entonces, bajo supervisión de la OTAN, el operativo «Cosecha Esencial», para recolectar las armas de los combatientes albaneses.
La comunidad internacional decidió, a comienzos se 2002, enviar más de 500 millones de euros, el doble de lo previsto en primera instancia, para la reconstrucción y reforma económica del país, en reconocimiento a la estabilidad obtenida luego de seis meses de acabada la guerra.
En febrero de 2004 Trajkovksi murió en un accidente aéreo cuando viajaba a una conferencia en Mostar. La televisión bosnia responsabilizó a fuerzas de la OTAN del accidente. Fue sustituido en mayo por Crvenkovski, luego de que este alcanzara la presidencia en una elección especial, realizada en el mes de abril, donde ganó con el 63% de los votos (aunque este triunfo fue cuestionado por la oposición). Su aliado Hari Kostov, ex ministro del Interior, fue nombrado premier en junio.
En julio, unas 20 mil personas protestaron en Skopje contra la propuesta del Parlamento de rehacer las fronteras municipales con Albania, y en contra de otorgarle más poder en ciertas áreas a los albaneses que viven en territorio macedonio. Finalmente, en agosto, tras ser aprobado por el parlamento, el proyecto sobre fronteras municipales se convirtió en ley.
Hari Kostov renunció a su cargo de primer ministro en noviembre de 2004, debido a la imposibilidad de aplicar su plan de reformas. Un mes más tarde, Vlado Buckovski, quien se desempeñaba como ministro de Defensa, fue designado como su sucesor y constituyó el nuevo gabinete de gobierno.
En julio de 2005 el parlamento aprobó una ley que otorgaba a los albaneses el derecho a enarbolar su bandera en aquellos distritos en los que fueran mayoría.
Luego de que en 2003 Macedonia, junto a Albania y Croacia, firmaran la Carta Estadounidense-Adriática, en la que se establecía la preparación conjunta para la entrada a la Organización Tratado del Atlántico Norte (OTAN), comenzaron una serie de reformas para hacer posible su ingreso en el año 2009.
La OIRM-PDNM, principal partido opositor, ganó las elecciones de julio de 2006. El candidato de la OIRM-PDNM, Nikola Gruevski, recibió 40% de los votos, mientras la Unión Social Democrática de Buckovski obtuvo 24%.
El ministro del Interior Ljube Boskovski y el oficial de policía Johan Tarkulovski debieron declarar ante un tribunal de La Haya, acusados del asesinato de 7 albaneses en la aldea de Ljuboten, en 2001. En caso de ser declarados culpables, ambos podían ser condenados a cadena perpetua.