Los primeros habitantes de la península malaya y de los estados de Borneo, Sarawak y Sabah fueron comunidades descendientes de inmigrantes pre-malayos, los orang asli, que vivían –como algunos aún lo hacen– en los bosques. Los malayos llegaron probablemente desde el sur de China, a través de lo que actualmente se conoce como Indonesia.
La inmigración desde la actual China (posible gracias al uso de la canoa con balancín y la vela, durante el segundo milenio a.C.), aportó técnicas metalúrgicas y agrícolas, en especial en el cultivo de arroz, comenzado en el primer milenio de nuestra era. El excedente agrícola y pesquero creó culturas urbanas, puertos y el comercio con India, que trajo nuevas prácticas políticas y religiosas y el lenguaje sánscrito.
El reino indianizado de Funan, fundado sobre el Mekong en el siglo I d.C., se extendió en el siglo V a la parte oriental de la península malaya. Surgieron muchos estados budistas, que comerciaban con China. En el siglo XV fue fundado el puerto de Melaka. Sus gobernantes, los primeros de la región en convertirse al Islam, dejaron de pagar tributo a Siam (hoy Tailandia). El comercio con mercaderes islámicos dio prosperidad a Melaka, que difundió la nueva fe al total de las actuales Malasia e Indonesia, desplazando al budismo. A comienzos del siglo XVI, su auge y prestigio atrajeron a los portugueses, que competían con los árabes por las rutas comerciales del Océano Índico.
En 1511 el Virrey de India, Alfonso de Albuquerque, tomó el puerto, clave para el monopolio portugués del comercio de especias de las Molucas (que eran luego cambiadas por tejidos de India y seda y porcelanas de China). Desplazado de Melaka, el modelo malayo de estado musulmán marítimo, pesquero y comercial resurgió en Johor, Acheh y Brunei, reinos rivales entre sí. A inicios del siglo XVII, los holandeses establecidos en Batavia (actual Jakarta) se aliaron con Johor y expulsaron a los portugueses de Melaka y no tuvieron competencia europea durante el siguiente siglo.
Inglaterra, que estableció puntos de apoyo a su comercio con China, en el norte de Borneo (Kalimantan) fundó en 1786 el puerto de George Town, en la isla de Penang (Pinang), frente a la costa occidental de la península malaya. El modelo de comercio libre inglés, más beneficioso que el monopolio holandés, atrajo a Penang una población cosmopolita de malayos, sumatranos, indios y chinos. En 1819 los británicos, más interesados en la seguridad de la navegación que en el comercio local de especias, fundaron Singapur. La convivencia con los holandeses era difícil, por lo que, en 1824, un tratado les reservó Malasia y dejó Indonesia en manos de Holanda.
Penang, Melaka y Singapur se convirtieron en los puntos clave de la colonia británica, que estimuló la inmigración china para trabajar en las minas de estaño y en los puertos a lo largo del Estrecho de Malacca, a principios del siglo XIX. Los campesinos y pescadores malayos continuaban dedicados a sus actividades tradicionales. A partir de 1870 los británicos firmaron sucesivos acuerdos de «protectorado» con los sultanes y en 1895 impulsaron una federación, con capital en Kuala Lumpur. Otros acuerdos con los sultanatos del norte de Borneo (Brunei, Sabah y Sarawak, este último gobernado por el «rajá blanco» James Brooke y sus herederos) fueron administrados desde Singapur, pero no mantenían vínculo formal con la península.
A fines del siglo XIX, los británicos introdujeron el cultivo del caucho con semillas brasileñas de Heveas, que terminó con la «era del caucho» en la Amazonia y, ante la demanda creciente de la industria automovilística, trajo una nueva oleada de inmigrantes tamiles del sur de la India a las plantaciones.
A principios del siglo XX, grandes contingentes de chinos arribaron para trabajar en las minas de estaño y los sectores de servicios urbanos. La sociedad multiétnica, con diferencias culturales, religiosas e idiomáticas tenía, además, sistemas educativos distintos para malayos, chinos e indios. En la economía, los malayos continuaron con su agricultura rural y los indios en el cultivo de caucho, mientras los chinos permanecieron en las minas de estaño. Mientras los malayos acompañaban, en las primeras décadas del siglo XX, la reforma islámica iniciada en Medio Oriente, los indios apoyaban las luchas de Gandhi y los chinos la ideología nacionalista de Sun Yat Sen primero y al Partido Comunista después. Aunque la mayoría simpatizaba con el Kuomintang, ya en 1927 había células comunistas entre los chinos de los Establecimientos del Estrecho.
En 1942, en el marco de la Segunda Guerra Mundial, el país fue ocupado por los japoneses, quienes buscaron, como en el resto del sudeste asiático, alianzas contra Europa entre los movimientos nacionalistas locales. La mayor resistencia fue la china, en especial la del Partido Comunista Malayo (PC), que organizó guerrillas.
El fin de la guerra hizo necesario un cambio en la relación de Inglaterra con la colonia, pero las complejas y diferenciadas relaciones con los sultanatos y los puertos dificultaban una nueva fórmula. Ante el proyecto británico de una Unión Malaya, con ciudadanía igualitaria, el nacionalismo malayo se unió en torno a la figura simbólica de los sultanes y nació la Organización Nacional de los Malayos Unidos (ONMU), controlada por la antigua clase dominante, pero con apoyo popular.
En 1948, una insurrección encabezada por los comunistas fracasó, al ser sentida por muchos indios y malayos pobres como expresión de una comunidad étnica y no de un movimiento anticolonial. Los partidos marxistas fueron proscritos y sus dirigentes, encarcelados. Desde entonces y hasta entrada la década de 1960, el PC desarrolló la lucha guerrillera en el norte de Malasia peninsular y en Borneo.
A inicios de la década de 1950, el periodista y militante Dato Onn (escindido de la ONMU), creó el Partido de la Independencia de Malaya, en un nuevo intento de formar una agrupación multirracial. Fue derrotado, en las elecciones municipales de 1952, por una alianza entre la ONMU y la Asociación de Chinos Malayos, a la que se unió luego el Congreso Indo-Malayo, para ganar las elecciones nacionales de 1955.
Inglaterra, ante la amenaza de una insurrección comunista, entró en negociaciones que en 1957 llevaron a la independencia del país. El Príncipe Tengku Abdul Rahman, que estuvo al frente del movimiento independentista, fue designado primer ministro. Se estableció una federación de 11 estados, con un Parlamento y un monarca elegido cada cinco años entre los nueve sultanes. Las distintas comunidades acordaron constitucionalmente otorgar la ciudadanía a los no malayos, aunque los malayos y algunos otros grupos fueron reconocidos como pueblo indígena, (con privilegios especiales en la educación y los empleos públicos) bajo el nombre de bumiputras. El malayo fue declarado idioma oficial. El país adoptó un sistema de mercado libre, y el capital extranjero, que se había establecido durante la etapa colonialista, continuó siendo dominante.
En 1963, las colonias de Singapur (al sur de Malasia), Sabah y Sarawak (en la región septentrional de Borneo) lograron la independencia y se unieron a la península, formando la Federación de Malasia. Singapur, por diferencias étnicas, fue expulsado en 1965 y se convirtió en república independiente.
El Partido Alianza, conservador, gobernó con una amplia mayoría desde 1957, pero en las elecciones de 1969 perdió representación frente al Partido Islámico y el Partido de Acción Democrática, principalmente integrado por chinos, y el Gerakan. Se disolvió el Parlamento, y durante dos años gobernó un Consejo Nacional de Operaciones.
Durante dos décadas, las empresas estatales que representaban a los bumiputras adquirieron acciones en propiedades británicas y compañías mineras, e integraron empresas conjuntas con fábricas multinacionales. La participación de los bumiputras en la economía alcanzó un 20% en 1989, mientras que el capital extranjero se redujo a menos del 40%. Sin embargo, la población de origen chino denunció discriminaciones en el trabajo, la educación y las oportunidades económicas.
En 1981 Mahathir bin Mohamad asumió como primer ministro y adoptó un programa de fomento de la industria. A fines de la década de 1980 enfrentó dificultades con la dirigencia del ONMU. Sus oponentes formaron el Semangat 46, partido que en 1990 estableció una amplia coalición opositora en el PAS islámico, junto al Partido de Acción Democrática, integrado por la comunidad china, y al pequeño Partido del Pueblo, de izquierda.
Malasia cambió su posición pro-occidental de la década de 1960, por una actitud tercermundista, en la de 1980. En 1990 Kuala Lumpur fue sede de la conferencia inaugural del Grupo de los 15 países del Tercer Mundo (con la finalidad de promover programas concretos de cooperación Sur-Sur). Tuvo un papel destacado en la Comisión Sur y dio apoyo activo a la OLP y al CNA de Sudáfrica.
El crecimiento de las industrias altamente tecnificadas produjo escasez de mano de obra calificada y semi calificada. Los salarios en la industria aumentaron significativamente, acentuando las diferencias entre sectores sociales.
En abril de 1994, Tuanku Ja'afar ibni al-Marhum Tuanku Abdul Rahman fue elegido rey de Malasia. En 1995, la coalición del primer ministro Mahathir, el Frente Nacional, obtuvo 162 de las 192 bancas de la Cámara de Representantes.
La crisis económica del sudeste asiático de 1997 provocada, en parte, por el colapso de varias divisas regionales, golpeó duramente a Malasia. A principios de setiembre de 1998, luego de meses de buscar una salida a la crisis, Mahathir destituyó al Ministro de Economía, Anwar Ibrahim, por «inconducta sexual». Anwar lideró manifestaciones masivas contra el gobierno, las que provocaron su arresto, el 20 de setiembre. La oposición apoyó a Anwar, considerado un aperturista, abanderado de las inversiones extranjeras. Cuando fue encarcelado, la conducción de la oposición pasó a su esposa, Azizah Ismail.
Anwar fue condenado a seis años de prisión bajo el cargo de «inconducta sexual» y sodomía, en abril de 1999.
Las elecciones legislativas de noviembre de 1999 le otorgaron más de dos tercios de las cámaras al oficialismo, extendiendo el poder de Mahathir hasta 2005. El Frente Alternativo, encabezado por Azizah Ismail no alcanzó el 20% de los votos, y se quejó por los escasos nueve días de campaña permitidos. Igualmente, la ONMU sufrió los efectos de la división y cedió espacio ante el PAS.
En enero de 2000, al reabrirse el proceso contra Anwar, el gobierno detuvo a cuatro dirigentes políticos opositores y al abogado que defendió al ex ministro, acusados de sedición e incitación a la violencia racial. Esto desató una ola de protestas dentro y fuera del país. En marzo de ese año, el gobierno restringió la prensa partidaria de Anwar.
A pesar de las protestas y demandas de ambientalistas, en febrero de 2001 el gobierno continuó el proyecto de la mega-represa de Bakun, en Borneo, planeada para convertirse en la más grande de surasia. Con un costo de 5.000 millones de dólares, implicó el desplazamiento de 10 mil personas y el aserramiento e inundación de grandes áreas de bosques tropicales. Una compañía privada, estrechamente vinculada al oficialismo, comenzó las tareas de talado.
En marzo de 2001, en Kuala Lumpur, se sucedieron los peores enfrentamientos étnicos entre indios y malayos desde 1969; según el ministerio de Defensa, se trató de un malentendido entre vecinos.
El control más estrecho sobre flujos de capital había permitido al gobierno mitigar los efectos de la crisis financiera y evitar los préstamos especiales y las reglas de las instituciones financieras internacionales. Al abrir en junio de 2001 la asamblea anual de la ONMU, Mahathir reprobó a Occidente, aludiendo a las críticas recibidas por la detención de Anwar y miembros de la oposición. Durante la asamblea, el premier acusó al partido Reformasi, de Anwar, de «usar estrategias mafiosas para alcanzar sus fines» y al PAS islámico de estar «más interesado en el poder que en los valores religiosos».
En abril de 2002, el gobierno (mientras el Parlamento aprobaba enmiendas a la Ley de Inmigración) dio un plazo a los inmigrantes ilegales para que se «rindieran» y evitaran castigos que incluían latigazos, encarcelamientos y multas. Tras una conferencia en Bali, en la cual ministros de Asia y el Pacífico acordaron tomar medidas contra el tráfico de humanos, las autoridades incrementaron su acción contra los ilegales (el 10% de la fuerza laboral), la mayoría de ellos indonesios y filipinos.
Previo a una visita de Mahathir a Washington en mayo de 2002, la policía arrestó a 14 sospechosos de ser militantes islamistas, incluyendo a la esposa de un hombre acusado de ayudar a los que perpetraron los ataques del 11 de setiembre de 2001 sobre EE.UU.. La medida fue calurosamente saludada por Washington, que agradeció el apoyo del gobierno malayo a la «guerra al terror» que encabezaba.
En junio de 2003, Mahathir efectuó duras críticas a Estados Unidos y a Gran Bretaña. En una referencia obvia a la guerra en Irak señaló que se habían utilizado argumentos falsos para justificar la acción militar. También acusó a Occidente de invadir y gobernar ciertos países para explotar su riqueza y por no preservar su seguridad, y apuntó que Malasia podría ser un próximo objetivo. El discurso, que se sumó a la rotunda condena a la guerra en Irak aprobada por la Conferencia de Países no Alineados celebrada en Kuala Lumpur en febrero de 2003, logró la indignación del presidente estadounidense George Bush, quien amenazó con sanciones económicas al gobierno.
Abdullah Ahmad Badawi asumió como primer ministro en octubre de 2003, reemplazando a Mahathir Mohamad luego de 22 años en el poder.
En marzo de 2004 la coalición del Frente Nacional (FN), de Abdullah Badawi ganó las elecciones generales y retomó el control del estado Terengganu, ubicado en la costa este, que pertenecía al Partido Islámico. El FN obtuvo, además, dos tercios en la representación del parlamento.
En setiembre, Anwar fue liberado por una Corte de Malasia tras cumplir su condena por sodomía.
En diciembre un maremoto (tsunami) devastó Asia del Sur. El cataclismo dejó más de 5.000 muertos en Malasia; la mayoría de las víctimas se encontraba cerca de la isla Phuket, situada al sur de Tailandia. Pese a que Malasia estuvo muy cerca del epicentro, buena parte de su costa fue protegida por Sumatra. En las playas del norte del país, en la isla de Penang, decenas de personas fueron arrastradas por las aguas. Las provincias de Kedah y Perak también sufrieron graves daños.
Sólo semanas después lanzar una gran operación para expulsar trabajadores migrantes, a fines de mayo de 2005 el gobierno decidió suavizar las reglas de inmigración para permitir que ex trabajadores ilegales visitaran el país en busca de trabajo. Hasta ese momento, el gobierno había querido capitalizar políticamente su política de mano dura, ya que la mayoría de los migrantes provenía de Indonesia, país competidor.
En una conferencia internacional realizada en febrero de 2006, en Kuala Lumpur, para promover el diálogo entre los pensadores islámicos y occidentales, el primer ministro malayo, Abdullah Badawi, urgió a crear puentes para salvar «el enorme abismo entre Occidente y el mundo islámico».
El FN, la colación gobernante, aumentó su representación tras las elecciones de abril de 2007. El opositor Partido por la Justicia Popular, liderado por el ex viceprimer ministro Anwar, que regresó a la política luego de su liberación en 2004, denunció fraude, si bien los observadores internacionales catalogaron el proceso como limpio.