En cuevas cercanas a Ayacucho, en el actual Perú, se encontraron rastros de vida humana que datarían de más de 15 mil años. La cultura del pueblo chavín, cuyo apogeo se sitúa entre el 1400 y el 200 a.C., fue excelente planificadora urbana. Los paracas (700-100 a.C.) fueron los primeros en practicar la cirugía cerebral y eran excelentes embalsamadores. Los mochica construyeron grandes templos de adobe en el valle Moche y se cree que sus herederos directos fueron los chimú (1000-1400 d.C.), destacados por su orfebrería. La cultura nazca (200 a.C.-800 d.C.) desarrolló la agricultura con sistemas de riego a gran escala y construyó enormes calendarios aún observables desde las alturas. La cultura tiahuanaco-huari (600 a.C.-1000 d.C.), que tenía su base en la actual Bolivia, se expandió hasta el altiplano peruano.
En el siglo XII comenzó el auge de los inkas, que unificó políticamente las diversas culturas y lenguas de la región, reasentando grandes contingentes de súbditos en otros lugares del imperio, e imponiendo el quechua como lengua común. La mayor parte del legado cultural de los inkas y de las otras culturas andinas fue destruido por la colonización hispánica, pero su historia se preservó por generaciones a través de la tradición oral y de textos escritos tras la conquista. Los fundadores de la Dinastía Inka, Manco Capac y Mama Oclo, se establecieron en Cuzco (Qosqo), que sería la capital del imperio. En el siglo XIV, en el reinado del cuarto soberano inka, Mayta Capac, atacaron a las poblaciones vecinas.
Capac Yupanqui fue el primero en extender la influencia inka más allá del valle del Cuzco. Con el octavo soberano, Viracocha Inka, el naciente imperio comenzó una conquista permanente, estableciendo guarniciones en los pueblos conquistados. En 1438, Pachacuti Inka Yupanqui, uno de los hijos de Viracocha Inka, usurpó el trono de su hermano Inka Urcon y el imperio se extendió más allá del lago Titicaca, sometiendo a los pueblos chanca, quechua y chimú y apoderándose del reino de los shiris –los soberanos de los Cara– en Quito.
Durante el gobierno de Topa Inka Yupanqui (1471-1493) los inkas extendieron su poder hacia el sur (actual centro de Chile). A la muerte de Topa Inka existió una guerra de sucesión, de la cual salió victorioso Huayna Capac (1493-1525). Éste amplió la frontera norte del imperio hasta el río Ancasmayo (actual frontera entre Ecuador y Colombia) antes de morir durante una epidemia, probablemente introducida por los españoles. El Tahuantinsuyo, como se denominó al Imperio Inkaico, gobernó a unos 13 millones de personas.
La muerte de Huayna Capac provocó otra guerra de sucesión entre Huáscar, que gobernaba en Cuzco, y su hermano menor Atahualpa, quien gobernaba la parte norte del imperio desde Quito. En 1532, un grupo de 180 españoles, liderados por Francisco Pizarro y Diego de Almagro, desembarcó en Tumbes y, reconociendo a Atahualpa como legítimo gobernante del imperio, se reunieron con él en Cajamarca, lo secuestraron y pidieron un cuantioso rescate en plata y oro. En prisión, Atahualpa hizo matar a Huáscar antes de ser él mismo estrangulado en 1533; luego las fuerzas del imperio quedaron paralizadas. Los españoles llegaron a Cuzco y coronaron a Topa Hualpa, con la intención de gobernar a través de un soberano inka. Topa Hualpa era aliado de Huáscar y así los europeos se comprometieron con la facción que no querían apoyar.
Topa Hualpa murió poco después y los españoles reforzaron su alianza con la facción de Huáscar al poner en el trono a su hermano Manco Capac, dispersando los remanentes del ejército de Atahualpa. Cuando en 1535 Pizarro le prohibió a Manco Capac restablecer el control sobre los dominios de la costa y el norte, que todavía eran leales a Atahualpa o carecían de control central, Manco Capac entendió que los españoles eran una amenaza mayor que cualquiera de los seguidores de Atahualpa y en 1536 sitió Cuzco durante un año. Sus fuerzas fueron finalmente desbandadas por Diego de Almagro, de regreso de una expedición a Chile.
Manco Capac fundó un Estado Inka independiente en las regiones amazónicas que duró hasta 1572, con la muerte por envenenamiento de Titu Cusi Yupanqui, el último inka. El orden del Tahuantinsuyo se descentró desde que Pizarro fundó Lima en 1535, en la costa, y ésta funcionó como centro del poder español. La colonización cambió radicalmente los patrones de propiedad y usufructo de tierras; el pago de tributos y los trabajos forzados desarticularon la vieja sociedad y los viejos dioses fueron suplantados, oficialmente, por la religión católica, aunque no desapareció el culto a pequeñas deidades. Regiones y ciudades del viejo imperio sobrevivieron por siglos fuera del alcance de la corona de España. El ejemplo más notorio es la ciudad de Machu Picchu, 80 km. al noroeste de Cuzco, descubierta recién en 1911 por Hiram Bingham, un profesor de la Universidad de Yale.
Por las disputas entre los conquistadores, durante décadas la corona española no pudo implantar plenamente su autoridad. Los conquistadores, liderados por Gonzalo Pizarro –hermano de Francisco– y descontentos con las nuevas leyes del rey de España (que querían impedir el feudalismo y amenazaban el poder y riqueza de éstos) se rebelaron en 1542, manteniéndose de hecho independientes de la corona hasta 1544, cuando Gonzalo Pizarro fue vencido y ejecutado.
Únicamente nombrando al virrey Francisco de Toledo en 1569, España consolidó su dominio en la zona. Las instituciones americanas fueron adaptadas a la autoridad española y los jefes de las naciones andinas administraron por un buen tiempo los intereses de su comunidad a la vez que recolectaron tributos y proveyeron trabajo indígena en las minas. Cuando Tupac Amaru (hijo de Manco Capac) sublevó a los campesinos indígenas, la corona lo apresó y ejecutó en 1571.
Tras la administración de Toledo, el Virreinato de Perú asumió la forma que mantuvo hasta el siglo XVIII, abarcando toda América del Sur, excepto Venezuela y Brasil. El descubrimiento de las minas de plata de Potosí en 1545 fue seguido por el de las de Huancavélica en 1563. Con excepción del oro de Nueva Granada (Colombia), la producción de minerales se concentraba en Perú, propiamente, o en Alto Perú (Bolivia); esto hizo que la corona española privilegiara estas zonas, que se convirtieron en las más ricas del continente.
Durante los siglos XVI y XVII Lima fue el centro de poder y riqueza de toda la América del Sur dominada por España. Cimentada en la mano de obra indígena, la Corte de Lima –donde se administraba la justicia del rey– atrajo a los ricos, a órdenes religiosas, a intelectuales y artistas. En Lima los tribunales de la Inquisición actuaron con más celo y crueldad. En 1700, con la Dinastía de los Borbones –que suplantó a los Habsburgo como gobernantes de España– hubo medidas para desarrollar las colonias y alcanzar un mejor gobierno en el continente. La creación del Virreinato de Nueva Granada hizo perder al de Perú su control sobre el puerto de Quito, además de las tierras que hoy componen Colombia. La creación en 1777 del Virreinato del Río de la Plata le quitó el control sobre el Alto Perú y los territorios que hoy forman Argentina, Paraguay y Uruguay.
Las reformas mercantiles, con los puertos del Pacífico y el Atlántico comerciando directamente con España, debilitaron aún más la condición del virreinato. En 1780, el cacique José Gabriel Condorcanqui arrestó a un corregidor bajo cargos de crueldad y con el nombre de Tupac Amaru II lideró en 1780 una sublevación indígena, apoyada por algunos criollos (hijos de españoles), contra la autoridad virreinal. La revuelta, que se extendió a Bolivia y Argentina, perdió su apoyo al convertirse en una violenta batalla entre indígenas y blancos. Tupac II fue capturado en 1781 y llevado a Cuzco donde, tras ser forzado a presenciar la ejecución de su esposa e hijos, fue descuartizado y decapitado. La revolución continuó, sin embargo, hasta que el gobierno español promulgó un perdón general a los insurgentes.
La concentración del poder militar de la corona en Lima y la actitud conservadora de la oligarquía local, una vez diezmados los levantamientos indígenas, hicieron que Perú se mantuviera leal a España cuando el resto de las colonias de América del Sur comenzaron la lucha independentista entre 1810 y 1821. El general José de San Martín, para asegurar el gobierno de Buenos Aires sobre las minas del Alto Perú y la independencia de sus provincias argentinas, liberó a Chile en 1818 y lo usó como base para atacar Perú por vía marítima. A fines de 1820, ocupó el puerto de Pisco y el virrey retiró sus fuerzas al interior del país. San Martín entró a Lima y declaró la independencia el 28 de julio de 1821.
San Martín pidió ayuda al venezolano Simón Bolívar para atacar los importantes contingentes españoles apostados en el interior de Perú, pero éste no aceptó compartir el liderazgo. Bolívar (libertador de la parte norte de Sudamérica), tomó el poder en Perú para continuar la lucha. En las batallas de Junín y Ayacucho, en 1824, el poder español fue eliminado y Perú fue políticamente independiente. Los primeros años de independencia transcurrieron en constantes luchas entre la oligarquía conservadora, nostálgica del virreinato, y los liberales. Las guerras con Colombia, en 1827, y con Bolivia, se desarrollaron bajo aquel telón de fondo. La unificación con Bolivia, intentada en 1835 por el presidente boliviano Andrés Santa Cruz, fracasó social y económicamente.
El mariscal Ramón Castilla, que gobernó el país entre 1845 y 1862, dio forma al Estado peruano moderno, luego de abolir la esclavitud y promulgar la Constitución. En 1864 España intentó instalar enclaves en la costa peruana, pero Perú, Chile, Bolivia y Ecuador le declararon la guerra y en 1866 fue derrotada.
Agotadas las minas de plata (desde 1845), el guano –excremento de aves apto como fertilizante– fue el principal producto de exportación del Perú. Cuando declinó el guano, lo sustituyó el salitre del desierto del sur. Esta riqueza provocaría la Guerra del Pacífico (1879-1883). Perú y Bolivia hicieron causa común contra Chile, que explotaba salitre, con el apoyo de compañías inglesas. Perú y Bolivia perdieron la guerra y sus provincias de Arica, Tarapacá y Antofagasta.
En el siglo XX comenzó la explotación en gran escala del cobre, en particular por la empresa estadounidense Cerro de Pasco Copper Corporation. Capitales extranjeros explotaron el petróleo en el norte, y la caña de azúcar y el algodón en el norte y centro. Las anacrónicas estructuras agrarias, empero, no se transformaron. En este contexto, el APRA (Alianza Popular Revolucionaria Americana), de inspiración marxista y vocación latinoamericana, logró gran apoyo popular. Víctor Haya de la Torre, su líder, preconizó la alianza de clases y polemizó con José Carlos Mariátegui, fundador del Partido Comunista Peruano. Triunfador en varias elecciones, el APRA no llegó al gobierno debido a sucesivos golpes militares.
En 1968, militares liderados por el general Juan Velasco Alvarado desplazaron al presidente Fernando Belaúnde Terry e iniciaron, nacionalizando el petróleo, varios cambios: recuperación de los recursos naturales y la pesca, una reforma agraria cooperativista, la participación de los obreros en la propiedad de empresas, un sector de empresas de propiedad social, la expropiación de la prensa –se preveía entregarla a sectores sociales organizados– y una política exterior no alineada. Velasco enfermó, perdió el control del proceso y la confianza de sus allegados. Fue derrocado en 1975 por su primer ministro, el general Francisco Morales Bermúdez, que –presionado por el FMI y la oligarquía deseosa de recuperar el poder– convocó elecciones. El partido Acción Popular (AP) de Belaúnde triunfó en las elecciones generales de 1980 e implantó las recetas del FMI. Ese año resurgió la lucha armada con la guerrilla de Sendero Luminoso, a la que en 1984 se sumó el Movimiento Revolucionario Tupac Amaru (MRTA).
En las elecciones de 1985 triunfó el candidato aprista Alan García, con un 46%. Con una deuda externa de 14 mil millones de dólares, García anunció que limitaría los pagos a 10% de los ingresos anuales por exportación y que negociaría directamente con los acreedores, sin intermediar el FMI. Finalizó su mandato desprestigiado por denuncias de corrupción y dejando el país en plena crisis, con una hiperinflación del 7.600% anual y una fuerte actividad guerrillera.
Las elecciones de 1989, dieron la presidencia al hasta entonces desconocido Alberto Fujimori, con 56,4% de los votos, quien adoptó un severo plan anti-inflacionario y, sin apoyo parlamentario gobernó por decreto. En 1992, Fujimori dio un golpe de Estado alegando que la inoperancia y la corrupción del Parlamento y la justicia obstaculizaban la reconstrucción del país. Ese año, la prisión de Abimael Guzmán, fundador y líder de Sendero Luminoso, fue un duro golpe al grupo guerrillero.
En 1995, Perú y Ecuador libraron una guerra no declarada en su frontera común de la Cordillera del Cóndor. En los comicios de ese año fue reelecto Fujimori, quien amnistió a militares y policías violadores de los Derechos Humanos en la lucha contra la guerrilla desde 1980. En 1998, a tres años del conflicto armado, Perú y Ecuador acordaron un tratado de paz, tras un nuevo trazado de límites propuesto por Argentina, Chile, Brasil y EE.UU.
Pese al impedimento constitucional que prohibía a Fujimori disputar un tercer mandato, se oficializó su candidatura para las elecciones de 2000. El economista y ex lustrabotas de origen indígena Alejandro Toledo, quien obtuvo 41% de los votos contra 48,7% de Fujimori, encabezó una insurrección de miles de personas en Lima, para forzar una segunda vuelta electoral. Toledo finalmente anunció que no se presentaría hasta que no existieran garantías de transparencia en los comicios. Sin observadores internacionales y como único candidato, Fujimori fue proclamado presidente por la Corte Electoral. Entre las papeletas anuladas y las favorables al autoexcluido Toledo, el 54% de la población había votado contra Fujimori, quien fue duramente criticado por la OEA y EE.UU.
La OEA presionó para convenir cambios institucionales en Perú: libertad de prensa, independencia del poder judicial, modificación del sistema electoral, control civil del ejército y los servicios de inteligencia. Fujimori se comprometió con la secretaria de Estado estadounidense Madeleine Albright a implementar los cambios. Tras el escándalo causado por la difusión de un video que mostraba a Vladimiro Montesinos –director de Inteligencia Nacional y verdadero «poder detrás del trono»– sobornando a un legislador, Fujimori anunció nuevas elecciones en 2001, a las que no se presentaría. En noviembre de 2000, durante un viaje a Japón, Fujimori renunció mientras en Lima el Parlamento votaba su destitución. En 2001, el Congreso acusó a Fujimori de abandono del cargo.
Triunfador de las elecciones más limpias de Perú en muchos años, Toledo fue el primer presidente de origen indio libremente electo. Al asumir en 2001, recibió un país con fuertes deudas, problemas fiscales, severa recesión, y con 54% de la población viviendo en extrema pobreza. Según el diagnóstico del equipo económico de Toledo, la pobreza en Lima había aumentado del 35 al 45% entre 1997 y 2000. Una Comisión de Verdad y Reconciliación examinó miles de casos de violaciones de Derechos Humanos ocurridas en las últimas dos décadas y las autoridades emitieron una segunda orden internacional de arresto (la primera había sido emitida tres meses atrás) a Fujimori, por corrupción, abuso de funciones y violación de Derechos Humanos.
En 2002, hubo violentas protestas contra la privatización de dos poderosas compañías de electricidad peruanas, en las que una persona murió y cientos de personas fueron reprimidas. Fernando Rospigliosi (ministro del Interior) renunció tras dos semanas de conflictos y Toledo dejó en suspenso las privatizaciones.
En 2003, una corte de Lima sentenció a Vladimiro Montesinos a ocho años de prisión por desfalco (en 2002, había sido encarcelado por abuso de poder y por asumir ilegalmente sus funciones como jefe de Inteligencia).
En 2003, la primer ministra Beatriz Merino dimitió tras verse envuelta en escándalos de corrupción, en los que negó tener participación. Toledo solicitó a Merino abandonar el cargo, que ocupó Carlos Ferrero (experimentado parlamentario de Perú Posible, el partido fundado por el presidente).
La Comisión Nacional para el Desarrollo y Vida sin Drogas informó en marzo de 2005 que los cárteles del narcotráfico movilizaban unos 7.000 millones de dólares anuales en Perú, el equivalente al 50% del presupuesto nacional. Unas 60 mil hectáreas de hoja de coca se cultivaban en el país, el 90% destinadas al narcotráfico. En los primeros meses de ese año, los productores cocaleros intensificaron sus protestas, exigiendo que la erradicación de cultivos se hiciera en forma gradual y concertada.
En noviembre de 2005, Fujimori fue arrestado al llegar sorpresivamente a Chile –con la presunta intención de volver a Perú– y Lima solicitó su extradición. El pedido fue rechazado por un juez chileno 20 meses después. De todas maneras, Fujimori continuaba con arresto domiciliario en Chile.
Para las elecciones presidenciales de abril de 2006 Perú Posible ni siquiera presentó candidato. En la segunda vuelta de junio, Alan García, del APRA, quien para muchos había sido el «peor presidente de la historia» del país, derrotó al ex militar nacionalista Ollanta Humala –líder de una rebelión contra Fujimori en el año 2000, de perfil indigenista–, quien había resultado vencedor en la primera ronda.
En abril de 2007, el Parlamento concedió poderes especiales a García, permitiéndole que gobernara por decreto en temas relacionados al tráfico de drogas y al crimen organizado. En julio, una huelga de maestros y campesinos tuvo en vilo al país por mas de 15 días. Las distintas manifestaciones que se sucedieron en esos días terminaron con 18 muertos y cientos de heridos. Finalmente el gobierno logró acuerdos con ambos sectores. El Ministerio de Comercio Exterior comunicó que las huelgas habían provocado a su sector pérdidas por más de cinco millones de dólares.