El archipiélago filipino estuvo habitado por grupos paleolíticos durante varias decenas de miles de años. La cultura neolítica comenzó en las islas alrededor de 9000 años a.C. Pueblos probablemente autóctonos, como el aeta o el igorot, subsistieron sin asimilarse con las etnias que inmigraron después a las islas.
Entre los siglos II y XV, sucesivas migraciones provenientes de Indonesia y Malasia poblaron las islas y se agruparon en clanes. Contrariamente al resto del mundo malayo, fueron poco influidos por la cultura clásica india. Desde los siglos XI y XII abordaron sus costas barcos mercantes musulmanes, japoneses y chinos, que poblaron las islas de comerciantes y artesanos. En el siglo XV las islas del sur fueron islamizadas tras la llegada de numerosos musulmanes de origen malayo, quienes establecieron sultanatos.
El archipiélago fue «descubierto» por Fernando de Magallanes en 1531, pero el navegante fue muerto en sus playas y la posesión española de las islas no se aseguró hasta 1564. Los igorots de la región norteña de Cordillera y la población islámica de la isla de Mindanao, entre otros pueblos, nunca fueron totalmente colonizados; la mayoría de la población rural nunca pagó tributos a los europeos. Diversos levantamientos de estas comunidades, incluyendo la china, fueron duramente reprimidos por los españoles.
La colonización española en Filipinas siguió patrones similares a la realizada en las Américas. Sin embargo, se destacan dos características específicas: su ubicación en las rutas oceánicas mercantiles, como lugar de recepción de mercaderías provenientes del conjunto del sudeste asiático destinadas a la metrópoli, y su dependencia directa del Virreinato de México.
A fines del siglo XIX se gestó un movimiento independentista local, compuesto por la burguesía mestiza aspirante al poder político, que le estaba vedado, y los demás sectores oprimidos. La revolución anticolonial estalló en 1896 y el 12 de junio de 1898 se proclamó la independencia. De inmediato, Estados Unidos inició gestiones diplomáticas para tomar el control, que culminaron en el Tratado de París del 10 de diciembre de 1898, en virtud del cual se puso fin a la Guerra Hispano-Norteamericana. En sesiones donde los delegados filipinos no fueron admitidos, España adoptó la resolución de ceder el archipiélago a Estados Unidos a cambio de una indemnización.
Entre 1899 y 1911, un millón de filipinos murieron luchando contra la ocupación estadounidense. Durante la Segunda Guerra Mundial el archipiélago fue ocupado por Japón, pero los norteamericanos retornaron al fin de la guerra. La independencia que concedieron en 1946 fue poco más que formal: el archipiélago continuaba bajo su dominación económica.
La independencia no introdujo cambios sociales y el país siguió viviendo bajo el régimen de la hacienda, la gran propiedad explotada en forma de medianería. Más de la mitad de la población era campesina, pero el 20% era propietaria del 60% de la tierra. El medianero, quien disponía de un promedio de 2 hectáreas, recibía, en principio, la mitad de su cosecha, pero en los hechos una gran parte de sus ingresos eran para pagar las deudas usurarias contraídas con el cacique, el gran terrateniente.
El Partido Nacionalista (conservador, vinculado a los terratenientes) se mantuvo en el poder hasta 1972, cuando Ferdinand Marcos, presidente desde 1965, declaró la ley marcial. En 1986 el conjunto de las fuerzas opositoras se rebelaron contra los continuos abusos de Marcos, y abrieron el camino a la democratización. El período de Marcos se asocia con un crecimiento progresivo de la represión, tanto contra movimientos armados (independentistas musulmanes de Mindanao, Nuevo Ejército del Pueblo, conducido por el Partido Comunista de inspiración maoísta), como contra la oposición política y sindical. Frecuentemente, la represión contó con el apoyo militar estadounidense.
La profunda inserción social de la Iglesia Católica, reflejada, por ejemplo, en el hecho de que aún hoy el 75% de los filipinos de más de diez años aprenden a leer en instituciones que dependen de ella, jugó un papel preponderante en la denuncia del fraude, cuando el referéndum de 1976 homologó la «ley marcial». Cinco años más tarde se unieron 45 organizaciones políticas y sindicales en el boicot a los comicios fraudulentos e inconstitucionales, mediante los cuales Marcos pretendía perpetuarse en el poder. En setiembre de 1981 millares de personas manifestaron en Manila exigiendo el fin de la dictadura y la retirada de las bases militares norteamericanas.
El 21 de agosto de 1983 el líder de oposición Benigno Aquino (Partido por el Poder Popular, socialdemócrata) fue asesinado al descender del avión en que regresaba a Manila, tras un prolongado exilio en Estados Unidos; se responsabilizó del crimen a Marcos. En el entierro participaron unas 500 mil personas. El movimiento popular adquirió una efervescencia que no habría de cesar hasta el derrocamiento del dictador.
En un clima de violencia y represión, gran parte del pueblo presionó a Marcos exigiéndole elecciones anticipadas en 1986 y respaldando la candidatura de Corazón Aquino, viuda del dirigente asesinado.
En febrero de 1986 se realizaron las elecciones. Una vez evidenciado el fraude que impedía el triunfo de Corazón Aquino, ésta convocó a la desobediencia civil. Juan Ponce Enrile, ministro de Defensa, intentó un golpe de Estado contra Marcos pero fracasó. Un millón de civiles rodeó a los sublevados en el campo donde estaban refugiados. Marcos optó por el exilio y Aquino asumió la presidencia con Enrile como ministro de Defensa.
La nueva Constitución, respaldada por una amplia mayoría en el plebiscito de febrero de 1987, otorgó autonomía a las regiones de Mindanao y Cordillera, lo que posibilitó una tregua con los movimientos autonomistas armados. Pero el Nuevo Ejército del Pueblo abandonó las negociaciones de paz a comienzos de 1990, tras una serie de provocaciones contra movimientos populares y atentados a dirigentes civiles. La reforma agraria, que debía ser el pilar de la acción de transformación social del gobierno, se diluyó en un plan de alcance limitado, luego de ser sometida a discusión en el cuerpo legislativo, donde los terratenientes contaban con fuerte representación.
En el curso de 1991, la presión de los diferentes grupos regionales y étnicos, sumada a la necesidad acuciante de un mayor reparto de tierras y riquezas y, quizá, la proximidad de las elecciones presidenciales de mayo de 1992, determinaron que Corazón Aquino creara la Oficina de Comunidades del Norte, que se ocupa de las tribus y etnias de la Montaña en Luzón, y la Oficina de Comunidades Culturales del Sur, que excluía a musulmanes. El personal de dichas oficinas provenía de las mismas comunidades.
En junio de 1991, la erupción del volcán del Monte Pinatubo mató a más de 700 filipinos, causó el éxodo de más de 300 mil personas y sepultó completamente bajo las cenizas la base Clark de la Fuerza Aérea de Estados Unidos.
Con una base aérea inservible y en medio de negociaciones que se tornaban más dificultosas a medida que se acercaba el fin del contrato, Estados Unidos optó por abandonar la isla voluntariamente. El 26 de noviembre de 1991 tuvo lugar la retirada formal definitiva de la base de Clark, que ocupaba a más de 40 mil filipinos.
En mayo de 1992, 25 de los 32 millones de filipinos habilitados para votar participaron de las elecciones, consideradas las más tranquilas y limpias en la historia del país. El triunfador fue Fidel Ramos, ex ministro de Defensa de Aquino.
El gobierno de Ramos debió recurrir en 1994 al apoyo de la oposición para controlar la evasión al impuesto al valor agregado del 10%. Esta medida le valió el respaldo del FMI, que otorgó créditos a su gobierno y permitió el crecimiento de un 5% del PBI. La campaña contra el crimen encabezada por el vicepresidente Estrada llevó a que 2% de los policías fueran despedidos –y un 5% más fuera investigado– por estar implicados en asociaciones delictivas. La guerrilla comunista del NPA perdió fuerza por las luchas internas que la paralizaban y también gracias a una amnistía a sus integrantes otorgada por el gobierno.
En 1995 Imelda Marcos fue electa diputada, a pesar de los numerosos cargos por corrupción de los que era acusada. La banca suiza devolvió al país USD 475 millones depositados por Ferdinand Marcos, aunque el gobierno estaba convencido de que existían miles de millones en otras cuentas.
La eliminación de las restricciones a las inversiones, la reducción de las barreras aduaneras y la presencia de mano de obra escolarizada y barata atrajo a los inversores y el PBI creció un 6%. En 1995 ingresaron al país USD 2.000 millones correspondientes a las remesas de 4,2 millones de trabajadores –mayoritariamente empleadas domésticas– radicados en el exterior.
A fines de 1995, se produjo una crisis alimentaria sin precedentes, con una suba del precio del arroz de 70%. Se calculaba que más de dos tercios de la población vivía por debajo de la línea de pobreza. Las organizaciones de agricultores responsabilizaron al gobierno por una política agraria incoherente y corrupta, y reclamaron una reforma agraria que incluyera la industrialización de la actividad rural, la autosuficiencia alimentaria y la protección del ambiente.
Pese a las protestas de representantes cristianos, mayoritarios en el país, el 30 de setiembre de 1996, el gobierno y la guerrilla musulmana celebraron un acuerdo de paz. Nur Misuari, el líder del Frente Moro Islámico de Liberación (MILF), se convirtió en el gobernador de Mindanao, una región autónoma que abarca alrededor de un cuarto del territorio nacional.
En enero de 1998, miles de niños de varios países marcharon por las calles de Manila en protesta por la esclavitud infantil. De esta forma comenzó una movilización mundial en procura de mejorarla situación de 250 millones de niños trabajadores.
En mayo, el vicepresidente Joseph Estrada fue electo presidente con 37% de los votos. En marzo de 2000, Salamat Hashim, líder del grupo islámico rebelde más importante de Filipinas, pidió un referéndum de autodeterminación para los musulmanes del sur del país. Estrada prometió no ceder ante los separatistas.
Decenas de miles de filipinos tomaron las calles de Manila para exigir la renuncia de Estrada en octubre, en tanto la oposición realizaba una moción en el Congreso para destituir al presidente, luego de que un ex aliado denunció que Estrada recibió millones de dólares en comisiones clandestinas de los sindicatos del juego.
En el juicio contra el presidente iniciado por el Parlamento salió a la luz que Estrada poseía cientos de millones de dólares en cuentas bancarias bajo nombres falsos. En medio de masivas movilizaciones que terminaron con la caída de Estrada, la vicepresidenta Gloria Arroyo asumió la presidencia el 20 de enero de 2001.
Las acusaciones de corrupción alcanzaron a la presidenta cuando, en octubre de 2001, su esposo fue acusado de aceptar un soborno superior a 900 mil dólares de una compañía de telecomunicaciones a cambio del levantamiento del veto presidencial sobre un acuerdo de franquicia. Arroyo autorizó una investigación formal del caso.
En abril de 2002, varias bombas que explotaron en la ciudad de General Santos, al sur de Mindanao, mataron a 14 personas. La policía responsabilizó al MILF de los atentados.
En junio el gobierno de Estados Unidos presentó cargos judiciales contra cinco líderes del movimiento rebelde filipino Abu Sayyaf, presuntamente vinculado con la red al-Qaeda y Osama bin Laden, por el secuestro y asesinato de dos ciudadanos estadounidenses.
En octubre de 2002, Abu Sayyaf –cuyo objetivo principal era la creación de un estado musulmán en el sur de Filipinas– perpetró una serie de atentados contra almacenes y un templo cristiano, que dejaron ocho muertos y 170 heridos. Al menos cinco personas fueron arrestadas y trasladadas a Manila.
El 23 de enero de 2003 fue asesinado Rómulo Kintanar en un restaurante de Manila. Kintanar había sido dirigente del Partido Comunista en la década de 1980 pero ya no pertenecía a la agrupación. El partido se declaró responsable del homicidio, que atribuyó a su brazo armado, el Nuevo Ejército del Pueblo.
En un comunicado divulgado en enero, Amnistía Internacional condenó la constante utilización de tortura a los presos políticos en las cárceles filipinas. Los individuos más expuestos a sufrir torturas serían los presuntos miembros o simpatizantes de grupos armados, así como delincuentes comunes y miembros de las comunidades desfavorecidas o marginadas.
En marzo de 2004 fueron arrestados cuatro miembros de Abu Sayaf, a quienes se les confiscó 36 kilos del potente explosivo trinitrotolueno, lo que según la presidenta Arroyo presuntamente evitó un ataque terrorista similar al perpetrado ese mismo mes en Madrid. La gobernante afirmó también que uno de los detenidos se había atribuido la responsabilidad por la explosión ocurrida el 27 de febrero en un trasbordador de pasajeros, donde murieron más de 100 personas. Presuntamente, los sospechosos, que habrían recibido adiestramiento militar de la red terrorista Yemá Islamiya, vinculada a al-Qaeda, proyectaban atacar trenes y centros comerciales en Manila, donde viven 10 millones de personas.
Arroyo obtuvo un segundo mandato en las elecciones generales de mayo de 2004, en las que votaron por primera vez cientos de miles de emigrantes filipinos en el exterior.
En julio, Manila decidió iniciar anticipadamente la retirada del pequeño contingente de tropas filipinas desplegadas en Irak, ante las amenazas contra la vida de Ángelo da Cruz, un camionero filipino secuestrado por rebeldes iraquíes. Da Cruz fue liberado, tras el anuncio.
El MILF y el gobierno anunciaron en abril de 2005 que, en las conversaciones preliminares de paz que se desarrollaban en Malasia, habían alcanzado un acuerdo relativo a las tierras ancestrales que por tres décadas venían reclamando los rebeldes, tema central de las negociaciones.
El gobierno aseguró haber descubierto en junio de 2005 un complot para derrocar a Arroyo, que la vinculaba con presuntas irregularidades en las elecciones del año anterior. Miembros de la oposición fueron acusados del complot, en el que aparentemente iban a utilizar una cinta suministrada por fuentes gubernamentales estadounidenses. La embajada de EE.UU. en Manila manifestó desconocer los hechos.
En noviembre, combates entre el ejército y rebeldes de Abu Sayyaf dejaron unos 30 muertos en la isla de Jolo, en el sur del país.
En febrero de 2006, la presidenta Arroyo declaró el estado de emergencia en el país tras la detención de varios oficiales del Ejército acusados de planear un golpe de Estado. Cuatro diputados de izquierda y otros 12 dirigentes opositores fueron acusados de complicidad en la intentona golpista.
Un informe gubernamental, dado a conocer en febrero de 2007, acusó a altas figuras del ejército de estar detrás de la matanza de centenares de activistas de izquierda desde 2001.
La campaña política para las elecciones parlamentarias y municipales de mayo de 2007 se vieron marcadas por un alto índice de violencia. Más de 300 personas murieron en los tres meses que precedieron a los comicios.