El territorio de Eslovaquia fue poblado, entre el año 500 y el 100 a.C., por los cotini, una tribu celta venida del oeste europeo. Los quadi, estados germánicos satélites del Imperio Romano, se establecieron en el 100 a.C. al norte del Danubio y permanecieron junto a los marcomani en Bohemia hasta que los hunos de Atila los expulsaron hacia el 400 d.C.
La tribu de los eslovacos, proveniente de la región oriental del Vístula y emparentada con los checos, llegó al territorio entre los siglos VI y VII. Mantuvieron constantes enfrentamientos con los ávaros, nómades que provenían de la baja Panonia, hasta que el comerciante franco Samo unió a las tribus eslavas que lo eligieron rey. En el año 805, el cristiano Carlomagno se alió con los jefes checos de Bohemia y Moravia y derrotó a los ávaros. En pago, Carlomagno distribuyó ducados entre los checos, que pasaron a controlar las regiones de Moravia, Bohemia y Eslovaquia. El reino de Moravia tuvo desde 830 a 846 su primer monarca, Mojmir I que adoptó el cristianismo.
Su sobrino y sucesor, Rotislav I (quien reinó desde 846 a 870) incluyó toda Bohemia y unificó los territorios eslavos de la región, formando la Gran Moravia, consolidó las relaciones con el Imperio Franco, que respondía a Roma y mantuvo contacto con el Imperio Bizantino. En el año 863 Bizancio envió a los monjes Constantino (Cirilo) y Metodio, quienes tradujeron los evangelios y diseñaron el primer alfabeto eslavo (ver historia de República Checa).
Con Svatopluc (870-894) el reino se amplió hasta la parte occidental de la actual Hungría y el sur de Polonia y cortó las relaciones con Bizancio. Los discípulos de Metodio debieron refugiarse en los Balcanes.
En el año 906, Moravia fue destruida por el reino germano de Arnulfo, aliado con los magiares, una tribu nómade del Alto Volga que controlaba parte de los territorios de la actual Hungría. La parte occidental del antiguo reino quedó en posesión de los duques checos de Bohemia, mientras el territorio entre los Cárpatos y el Danubio, que corresponde a la actual Eslovaquia, fue para los magiares. Pese a los muchos intentos de conquista de los duques de Bohemia, el control siguió siendo húngaro durante diez siglos.
Los eslovacos continuaron ligados culturalmente a los checos. Durante el siglo XV la Universidad de Praga ejerció una considerable influencia. Los husitas de Bohemia (ver historia de República Checa) invadieron repetidamente Hungría y llevaron a Eslovaquia la costumbre de celebrar la liturgia en lengua nacional y no en latín.
Las incursiones husitas favorecieron la recepción del protestantismo basado en la Biblia Kralice, traducida por la congregación de los Hermanos Bohemios. A inicios del siglo XVI, la mayoría de los eslovacos era calvinista. En 1525 Hungría fue invadida por el Imperio Otomano y Eslovaquia pasó a ser gobernada por la Casa de Austria, que germanizó en buena medida su cultura y fortaleció la Contrarreforma en toda la región.
En 1620 los magiares recobraron Eslovaquia para el reino de Hungría. La conquista, por parte del Imperio Otomano, de la Hungría central, acrecentó la influencia magiar en Eslovaquia cuando los nobles, huyendo del poder turco, se instalaron en los pueblos y transformaron las instituciones.
En el siglo XVII el dominio turco en Hungría fue reemplazado por el de la Casa de Habsburgo. A fines del siglo XVIII, el emperador José II germanizó la burocracia y limitó el poder de las autoridades húngaras, lo que ayudó a que los eslovacos recordaran su origen eslavo y sus vínculos culturales con los checos.
El sentimiento nacionalista instalado en Europa a partir de las Guerras Napoleónicas, llegó a los territorios austríacos y generó conflictos ente húngaros y eslovacos. En 1834, el magiar reemplazó al latín como lenguaje jurídico. En 1848 los eslovacos, checos y alemanes republicanos se levantaron en armas contra los magiares, quienes a su vez se habían rebelado contra los austríacos. En este período los eslovacos tomaron control sobre su enseñanza secundaria y fundaron su primera sociedad científica, la Matica Slovaka.
A finales del siglo XIX, las autoridades húngaras eliminaron la lengua eslovaca de la vida pública, y la remplazaron por el magiar. Los líderes eslovacos, especialmente los editores de periódicos, fueron perseguidos y encarcelados. En 1907, la ley Appony transformó las escuelas primarias eslovacas en magiares.
En 1914, en la Primera Guerra Mundial, los eslovacos apoyaron a los aliados (decenas de miles de soldados se pasaron desde el ejército húngaro) contra el Imperio Austro-Húngaro. En 1915, la Alianza Checa y la Liga Eslovaca (de Estados Unidos) llegaron, en Cleveland, a un acuerdo de liberación de las naciones checa y eslovaca y su unión federativa, con completa autonomía para Eslovaquia que contaría con su Parlamento, administración y el eslovaco como lengua oficial de su estado.
Con la victoria aliada de 1918, los esfuerzos nacionalistas dirigidos por el doctor eslovaco Thomas G. Masaryk del científico Milan Stefanik, un eslovaco residente en el extranjero, y el checo Eduard Benes, junto a las fuerzas opositoras en tierras checa y eslovaca, culminaron con la creación de la República de Checo-Eslovaquia, el 28 de octubre de ese año.
En noviembre de 1918, Masaryk fue electo presidente de la nueva república, posición que habría de mantener hasta 1935. Durante todo su gobierno, y el de su sucesor, Benes, los eslovacos se sintieron relegados dentro de un Estado centralizado por los checos, que no les daba participación equitativa.
La ocupación del país en 1939 por Alemania detuvo la marcha de la república y provocó (ya con la toma de los Sudetes de 1938) la renuncia de Benes, quien se exilió en Londres. Checoeslovaquia fue desmembrada. Bohemia se convirtió en una provincia alemana y la Rusia Carpaciana fue tomada por los húngaros. En marzo de 1939 se proclamó la independencia de Eslovaquia, con un títere de Hitler, Joseph Tiso, como presidente.
Al fin de la guerra en 1945, y con fuerzas soviéticas en el territorio, retornó a la presidencia Eduard Benes. La unidad fue garantizada por su pertenencia al bloque soviético (ver República Checa) hasta que, con la caída del régimen soviético y de su sistema de alianzas, en 1991 los pueblos checo y eslovaco decidieron escindirse.
Michal Kovak fue electo presidente de la nueva república de Eslovaquia en febrero de 1993. Vladimir Meciar, líder del MED y artífice del proceso de escisión, fue elegido primer ministro.
Meciar protagonizó una administración polémica; re-estatizó el diario Smena, impuso en la televisión un espacio diario obligatorio para la divulgación de mensajes gubernamentales y se opuso a la enseñanza de la lengua húngara en las escuelas.
Jozef Moravcik fue nombrado primer ministro en marzo de 1993. El nuevo gobierno intentó mantener fuera del poder a Meciar y aceptar los principios generales de la democracia europea, pero las diferencias internas de la coalición debilitaron este proyecto y, en las elecciones de octubre de 1994, tras obtener el 35% de los votos, Meciar reasumió como primer ministro y canceló la política de privatización iniciada por su antecesor.
A fines de 1997, cinco partidos opositores fundaron la Coalición Democrática Eslovaca (SDK) y firmaron un acuerdo con Coexistencia. El presidente Kovak, que ya tenía relaciones tensas con Meciar, se sumó a las críticas contra el primer ministro, instándolo en enero de 1998 a mejorar las relaciones con Estados Unidos y la Unión Europea. Tras su derrota en las elecciones parlamentarias, Meciar renunció y los dos principales partidos opositores, la Oposición Democrática Eslovaca y la Izquierda Democrática, formaron un nuevo gobierno en octubre, con Mikulás Dzurinda como primer ministro.
El proyecto de instalación de un reactor nuclear en Mochovce, cerca de la frontera con Austria, en junio de 1998, produjo protestas del gobierno de Viena.
En mayo de 1999, Rudolf Schuster ganó las primeras elecciones presidenciales directas, luego de que una reforma constitucional de enero las habilitara.
Casi mil gitanos eslovacos (sintiéndose discriminados) pidieron asilo en Finlandia en julio de 1999. El presidente Schuster reconoció la legitimidad del reclamo. El gobierno tomó medidas inmediatas para mejorar la situación de esta minoría y evitar los éxodos masivos.
Los gobiernos checo y eslovaco alcanzaron un acuerdo en noviembre que ponía fin a las diferencias financieras producto de la separación. Praga prometió entregar cuatro toneladas y media de oro a Bratislava y reconoció tener una deuda de 1.500 millones de dólares con Eslovaquia.
El Parlamento aprobó en febrero de 2001 importantes reformas a la constitución, conducentes a lograr su integración a la UE y la OTAN. La nueva constitución descentralizó el poder, aumentó el de la oficina de control y auditoría del Estado y fortaleció la independencia del poder judicial.
Se crearon, en enero de 2002, ocho nuevos parlamentos regionales, continuando las reformas para el ingreso a la UE.
La coalición de centro-derecha de Mikulas Dzurinda ganó en segunda vuelta las elecciones de setiembre de 2002. En la cumbre de Praga de noviembre, Eslovaquia fue formalmente invitada a ingresar a la OTAN.
En Copenhague, en diciembre de 2002, invitaron al país a unirse a la UE en 2004.
Una votación apenas por encima del 50% requerido aprobó, en referéndum, el ingreso a la unión en mayo de 2003.
En marzo de 2004 el país ingresó como miembro pleno a la OTAN. En las elecciones presidenciales de ese mismo mes, Ivan Gasparovic resultó electo en la segunda vuelta con el 59,9% de los votos, frente a su rival Vladimir Meciar, quien obtuvo 40,1%. Gasparovic asumió en junio de 2004.
Finalmente, el 1º de mayo de 2004, Eslovaquia se unió, junto a otros nueve países, como miembro pleno a la UE, lo que llevó a 25 la cantidad total de miembros de la organización.
Por una aplastante mayoría –116 votos a favor, 27 en contra y 4 abstenciones–, el parlamento eslovaco aprobó, en mayo de 2005, el proyecto de constitución europea.
Eslovaquia se asoció, en noviembre, al Mecanismo de Tipo de Cambio europeo –que ata su moneda, la corona eslovaca, al euro–. Este primer paso –que también tomaron Polonia, República Checa y Hungría de los países de Europa del Este– era fundamental para su futuro ingreso a la Eurozona.
El desborde del río Danubio ocasionó, en abril de 2006, graves inundaciones en la región central del país y en los alrededores de Bratislava. Más de 8.600 hectáreas de tierra quedaron bajo el agua y los daños ascendían a algo más de 4 millones de dólares.
En octubre de 2006 la alianza de los socialistas de la EU tomó la decisión sin precedentes de expulsar al Partido Dirección por haber formado un gobierno de coalición con el ultraderechista Partido Nacional Eslovaco, liderado por Jan Slota. Slota era un vehemente anti húngaro y ha sido responsabilizado por el aumento de los ataques a las minorías húngaras en Eslovaquia.
El pesidente Gasparovic y el embajador ante Washington, Rastislav Kaser, se reunieron en agosto de 2007 para planificar la participación del presidente en la Asamblea General de la ONU que se realizaría en setiembre en Nueva York, luego de la cual Gasparovic quería mantener una reunión con los campesinos eslovacos que viven en Estados Unidos.