Como otras islas del Caribe, éstas estuvieron pobladas originalmente por caribes y arawaks. Las islas no tenían más oro que el que sus habitantes llevaban como adorno y, por lo tanto, despertaron escaso interés económico. Aun así, a partir de la llegada de Colón, en 1493, se inició la masacre de la población local, que culminó con su desaparición en la segunda mitad del siglo XVI.
La parte occidental del archipiélago fue disputada también por otros países luego del abandono de los españoles. Los daneses terminaron de apoderarse de las islas en el siglo XVIII y organizaron en ellas cultivos de caña de azúcar y algodón. Para eso importaron esclavos africanos como en tantas partes de América Latina y el Caribe. En el apogeo de la colonización danesa había en las islas 40 mil esclavos.
Durante la segunda administración de Abraham Lincoln, Estados Unidos hizo los primeros intentos de adquirir las islas, pero sólo luego de la Primera Guerra Mundial, y en la necesidad de consolidar su predominio en el Caribe, se concretó la compra: 25 millones de dólares por las islas y los 26 mil africanos que habitaban en ellas en 1921.
Estados Unidos realizó sucesivos cambios en las formas de administrar estos territorios, desde la utilización de las normas jurídicas danesas hasta la ley orgánica aprobada en 1969. Se estableció la elección de un gobernador y un vicegobernador, un delegado para el Congreso, sin derecho a voto, y el derecho de los habitantes a participar en las elecciones estadounidenses. En 1981 fue rechazada una propuesta de Constitución, mediante un plebiscito en el que participó solamente 50% de los habilitados para votar. En diciembre de 1984 la Asamblea General de la ONU reiteró el derecho de las islas a la autodeterminación y exigió que éste se ejerciera sin presiones.
La economía, dependiente de EE.UU., giraba en gran medida en torno de una refinería de petróleo de la Ameranda Hess Corporation, trasnacional estadounidense instalada en la isla de Santa Cruz. La influencia de la empresa sobre la política local es muy grande, dado que emplea a 1.300 personas y contrata a otras 1.700, además de cubrir todas las necesidades de las islas en materia de energía.
Un referéndum sobre el estatus del territorio, previsto para octubre de 1989, se vio suspendido cuando en setiembre las islas fueron duramente dañadas por el huracán Hugo. El 80% de los edificios fue destruido. El desastre originó saqueos generalizados y desórdenes, incluso por parte de la policía y la Guardia Nacional. Estados Unidos envió más de 1.000 efectivos a las islas, pero cuando éstos llegaron, los saqueos habían cesado pues, según los propios pobladores, ya no quedaba mucho para robar.
Una planta procesadora de óxido de aluminio, cerrada en 1985, fue adquirida en 1989 por capitales del comercio internacional de materias primas. La planta tenía una capacidad de producción anual de 700 mil toneladas métricas. Los embarques con destino a Estados Unidos y Europa comenzaron en 1990.
Alexander A. Farrelly, que gobernaba las islas desde 1987, abandonó su cargo en 1995 y fue sustituido por Roy L. Schneider. Las siguientes elecciones, realizadas en noviembre de 1998, le dieron la victoria a Charles Turnbull con el 58,9% de los votos, quedando Schneider con el 41,1% restante.
En marzo de 2000, el juez Ive Swan sobreseyó al ex gobernador Schneider y a otros tres altos oficiales de 14 cargos por abuso de confianza, fraude y falsificación de documentos durante su administración.
Las Islas Vírgenes estadounidenses se cuentan entre los 16 territorios del mundo que aún son colonia. En mayo de 2004 la ONU lanzó una campaña de reafirmación del principio de igualdad de derechos y autodeterminación de los pueblos. Pero ni las islas estadounidenses ni las británicas han expresado voluntad de independizarse, más que nada por temor al quiebre de su lucrativa industria turística y al aumento de las cargas fiscales –cualquier artículo o materia prima que provenga de las islas ingresa a EE.UU. libre de impuestos.
Las islas reciben, al año, dos millones de turistas, casi todos provenientes de Estados Unidos, quienes incurren en gran cantidad de accidentes automovilísticos por no estar acostumbrados a manejar por el carril izquierdo.
El gobierno intentaba mejorar la disciplina fiscal y apoyar proyectos de construcción en el sector privado, así como mejorar la infraestructura turística. Los principales desafíos que se había planteado para 2006 eran reducir la criminalidad y proteger el medio ambiente.
Estados Unidos promulgó, en junio de 2007, una ley que aumenta el poder de Islas Vírgenes para manejar sus impuestos. La nueva norma anulaba las disposiciones de una de 1936, que ataba las manos del gobernador de la isla para el uso de sus propios recursos fiscales.