Las dictaduras militares que reinaron en los países del Cono Sur (Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Paraguay y Uruguay) durante las décadas de 1970-80, instrumentaron y aplicaron un operativo de inteligencia y represión extrafronterizo denominado Plan Cóndor. El mismo se basaba en la desarticulación de los enemigos internos que pretendían resistir al modelo imperante en la época.

Las demandas y acciones de justicia y esclarecimiento del destino de los desaparecidos en las dictaduras se han intensificado en los últimos tiempos debido, en parte, al avance de la izquierda en estos países.

El gobierno argentino anuló, en 2003, las leyes de Obediencia Debida y Punto Final de los años 1980 y derogó un decreto de 2001, que impedía la extradición de represores. Argentina encabeza la estadística de crímenes contra la humanidad en la región, con 30 mil desaparecidos según organizaciones humanitarias. Por otra parte, también es el país que más avanzó en lo que refiere a procesos de ex represores.  

En Brasil la amnistía abarcó a insurgentes opositores y a represores de la dictadura que cometieron abusos, asesinatos y torturas, gran parte de ellos identificados. La justicia brasileña trató de aclarar la muertes de los miembros del Partido Comunista pro Albania, que entre 1972 y 1974 fueron masacrados en esa región cercana al río Araguaia, al norte del país. Pero el gobierno se negó a abrir los documentos militares sobre dichas acciones.

En Uruguay una ley de 1986 (Ley de Caducidad), hizo cesar la facultad punitiva del Estado contra militares y policías acusados de violar derechos humanos durante la dictadura de 1973 a 1985. El gobierno de Tabaré Vázquez (ver historia de Uruguay) retomó la búsqueda de desaparecidos para esclarecer qué había sido de su destino y, en diciembre de 2005, fueron hallados los cuerpos de dos militantes del Partido Comunista, desaparecidos durante la dictadura. Ese mismo año, por primera vez, la justicia llamó a declarar a altos mandos del ejército, incluido el ex dictador Gregorio Álvarez, para esclarecer sus vinculaciones en las desapariciones y torturas acaecidas durante la dictadura. Hasta ese momento, ningún militar había sido juzgado debido a que sus acciones estaban incluidas dentro de la Ley de Caducidad; Vázquez, por su parte, declaró que esta ley no se aplica a los altos mandos de las fuerzas armadas.

Tampoco el gobierno chileno se propuso anular la amnistía, que fuera decretada por la dictadura de Augusto Pinochet, y comprende los crímenes cometidos desde marzo de 1973 a 1978. Fue precisamente en ese período que se perpetraron la mayoría de las 3 mil desapariciones y asesinatos políticos. Sin embargo, con la reinstauración de la democracia, los jueces interpretaron que la amnistía no era válida en los casos de desapariciones, por ser delitos permanentes.

En abril de 2006 un juez chileno procesó a 18 personas, dentro de los cuales se encontraban altos mandos de la policía secreta chilena (DINA) por abusos cometidos durante la dictadura en la Colonia Dignidad (centro de torturas y cementerio clandestino de opositores al régimen pinochetista).